| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,696,909 | G→A | G151E (GGA→GAA) | bcsE → | c‑di‑GMP‑binding protein BcsE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,696,909 | 0 | G | A | 99.2% | 409.7 / NA | 117 | G151E (GGA→GAA) | bcsE | c‑di‑GMP‑binding protein BcsE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (58/58); minor base C (1/0); total (59/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
ACCGCACACGTCGCGGTCATTAGCATGGACAGCGATCCGGCGAAAATCTTTCAATTAGATGATTCTCAAGGGCCGGAAAAAATAAAATTATTTTCAATGCTAAATCATGAAAAAGGTCTATACTATTTGACCCGTGATTTGCAGTGTTCTATTGATCCCCATAATTACCTTTTTATTCTTGTTTGCGCAAATAACGCATGGCAAAACATTCCTGCCGAGCGGCTTCGCTCATGGTTGGATAAAATGAATAAATGGAGCAGGTTAAACCATTGTTCGCTTTTGGTAATTAATCCCGGAAATAATAACGATAAACAATTTTCATTGTTGCTTGAGGAATACCGTTCACTTTTTGGTCTTGCCAGTTTGCGTTTTCAGGGTGACCAACATTTGCTGGATATTGCCTTCTGGTGCAACGAAAAAGGGGTCAGCGCCCGTCAGCAGCTTAGCGTTCAGCAACAAAATGGTATCTGGACATTAGTTCAAAGCGAAGAGGCGGAGATCCAACCACGCAGCGACGAAAAACGCATTCTGAGTAATGTTGCTGTACTGGAAGGTGCGCCGCCGCTATCGGAACACTGGCAAC > NC_000913/3696614‑3697196 | aCCGCACACGTCGCGGTCATTAGCATGGACAGCGATCCGGCGAAAATCTTTCAATTAGATGATTCTCAAGGGCCGGAAAAAATAAAATTATTTTCAATGCTAAATCATGAAAAAGGTCTATACTATTTGACCCGTGATTTGCAGTGTTCTATTGATCCCCATAATTACCTTTTTATTCTTGTTTGCGCAAATAACGCATGGCAAAACATTCCTGCCGAGCGGCTTCGCTCATGGTTGGATAAAATGAATAAATGGAGCAGGTTAAACCATTGTTCGCTTTTGGTAATTAATCCCGAAaat < 2:152623/300‑1 (MQ=255) 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aatcaatCCCGAAAGTNATAACGATAAACAATTTTNATTGTTGCTTGAGGAATACCGTTCACTTTTTGGTCTTGCCAGTTTGCGTTTTCAGGGTGACCAACATTTGCTGGATATTGCCTTCTGGTGCAACGAAAAAGGGGTCAGCGCCCGTCAGCAGCTTAGCGTTCAGCAACAAAATGGTATCTGGACATTAGTTCAAAGCGAAGAGGCGGAGATCCAACCACGCAGCGACGAAAAACGCATTCTGAGTAATGTTGCTGTACTGGAAGGTGCGCCGCCGCTNTCGGAACACTGGCAAc < 1:541180/295‑1 (MQ=255) aatCCCGAAAATNATAACGATAAACAATTTTNATTGTTGCTTGAGGAATACCGTTCACTTTTTGGTCTTGCCAGTTTGCGTTTTCAGGGTGACCAACATTTGCTGGATATTGCCTTCTGGTGCAACGAAAAAGGGGTCAGCGCCCGTCAGCAGCTTAGCGTTCAGCAACAAAATGGTATCTGGACATTAGTTCAAAGCGAAGAGGCGGAGATCCAACCACGCAGCGACGAAAAACGCATTCTGAGTAATGTTGCTGTACTGGAAGGTGCGCCGCCGCTNTCGGAACACTGGCAAc < 1:540949/295‑1 (MQ=255) | ACCGCACACGTCGCGGTCATTAGCATGGACAGCGATCCGGCGAAAATCTTTCAATTAGATGATTCTCAAGGGCCGGAAAAAATAAAATTATTTTCAATGCTAAATCATGAAAAAGGTCTATACTATTTGACCCGTGATTTGCAGTGTTCTATTGATCCCCATAATTACCTTTTTATTCTTGTTTGCGCAAATAACGCATGGCAAAACATTCCTGCCGAGCGGCTTCGCTCATGGTTGGATAAAATGAATAAATGGAGCAGGTTAAACCATTGTTCGCTTTTGGTAATTAATCCCGGAAATAATAACGATAAACAATTTTCATTGTTGCTTGAGGAATACCGTTCACTTTTTGGTCTTGCCAGTTTGCGTTTTCAGGGTGACCAACATTTGCTGGATATTGCCTTCTGGTGCAACGAAAAAGGGGTCAGCGCCCGTCAGCAGCTTAGCGTTCAGCAACAAAATGGTATCTGGACATTAGTTCAAAGCGAAGAGGCGGAGATCCAACCACGCAGCGACGAAAAACGCATTCTGAGTAATGTTGCTGTACTGGAAGGTGCGCCGCCGCTATCGGAACACTGGCAAC > NC_000913/3696614‑3697196 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |