| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,878,077 | C→T | intergenic (+459/+492) | iap → / ← cas2 | alkaline phosphatase isozyme conversion protein/CRISPR‑associated endoribonuclease Cas2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,878,077 | 0 | C | T | 94.3% | 109.6 / ‑1.2 | 35 | intergenic (+459/+492) | iap/cas2 | alkaline phosphatase isozyme conversion protein/CRISPR‑associated endoribonuclease Cas2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (24/9); total (25/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 | |||||||||||
GGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGCGCCCCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCAAGCTGGCTGGCAATCTCTTTCGGGGTGAGTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTAGTTTCCGTATCTCCGGATTTATAAAGCTGACGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCGCAGGCGGCGACGCGCAGGGTATGCGCGATTCGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCGCGACCGCTCAGAAATTCCAGACCCGATCCAAACGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCAACATTATCAATTACAACCGACAGGGAGCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCAGCGTGTTCGGCATCACCTTT > NC_000913/2877782‑2878362 | ggggAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGCGCCCCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCAAGCTGGCTGGCAATCTCTTTCGGGGTGAGTCCGGTTTATCCTCGCt < 1:405670/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |