| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,623,538 | 0 | G | A | 28.1% | 158.2 / 16.2 | 96 | G47D (GGT→GAT) | yhhH | PF15631 family protein YhhH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/23); new base A (0/25); total (41/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AATATTGGGACGAAATATTTTCAGGTAAAGATGAGAAAATAGTTAAAAGTAAAGATAACAATATCAAGTCATTTTATTTAGGTACGCCCAGTGGTAATTTTAAAGCAATAGATAACCACGGGAAGGAAATAACAAACAGAAAAGGATTACCTAATGTCTGCAGAGTTCATGGTAATATGTAAAAAAATATTGTTTAGGAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTTATTATAGAAATAGGCAAAAATGATGGGAGAATTCTGAATTTTGGCCACGGAAAATAAGTATGTAAGGATAATCAAACATCGTGTGCGCTGATGGCAGAGTAGGTGGAGGACT > NC_000913/3623246‑3623837 | aaTATTGGGACGAAATATTTTCAGGTAAAGATGAAAAAATAGTTAAAAGTAAAGATAACAATATCAAGTCACTTTATTTAGGTACTCCCAGTGGTAATTTTAAAGCAATAGATAACCACGGGAAGGAAATAACAAACAGAAAAGGATTATCTAATGTCTGCAGAGTTCATGGTAATATGTAAAAAAATATTGTTGAGGAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAatat < 2:239394/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |