| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1166125 | 89 (1.080) | 5 (0.060) | 4/560 | 7.2 | 6.1% | coding (41/1305 nt) | ndh | NADH:quinone oxidoreductase II |
| ? | NC_000913 | 1166621 = | 69 (0.890) | coding (537/1305 nt) | ndh | NADH:quinone oxidoreductase II | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGT‑AACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGAAATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGCCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTGCGCGACGAGAAAGGTGAACTGCTGGTTCCGGAACGTAAAATC > NC_000913/1165829‑1166423 | caccacTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGT‑AACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGc > 2:402614/1‑300 (MQ=255)cacCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGT‑AACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGc > 1:159049/1‑300 (MQ=255) ccctccctCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGT‑AACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCt > 1:480219/1‑298 (MQ=255) ccTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGT‑AACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCtggt > 2:573597/1‑300 (MQ=255) ccTCACTCTATATCACNCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGT‑AACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCNTTGAAAAAGATTGTGATTNTCGGCGGCGGTGCtggt > 1:534850/1‑300 (MQ=255) cACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGT‑AACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCtggt > 1:269473/1‑297 (MQ=255) aCTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATNCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGT‑AACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGc > 2:477692/1‑300 (MQ=255) 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acaAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGT‑AACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGAAATGGCAacac < 1:350223/299‑1 (MQ=255) aaaTTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGT‑AACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGAAATGGCAACACAGc < 1:397082/300‑1 (MQ=255) gctaaaaTAATAAACAGTAAGCTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAACAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGT‑AACCTGTTGTTAATGAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGAAATGGCAACACAGCTgggg < 2:157662/295‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |