| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_012971 | 2,016,684 | 0 | G | T | 30.6% | 111.7 / 16.2 | 72 | L251L (CTC→CTA) | wcaK | colanic acid biosynthesis pyruvyl transferase WcaK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/20); new base T (0/22); total (30/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.02e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTGGCAAAGTTCATCGAGATAATGGCAGAGTGCAGGCGCGTACCGACGGTGAGTTCACAGGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACCACGTGGTAACGGGCAGGATCGCTGATGTGCTGGCGAAGATTGAGCGCCACCATGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCGATGCCCGTACAGGTGGAAAGCGCAATCACCTGATACCCTTCGTCGAGAATGCGATTGACCACCCCGGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGCTGAGTGGTGCCGAGACGTTTGTCGAACGGTGCCAGTTCGCGCAGGGTAATTGCTACCGTTTTCTGTTGTGCG‑GCAACGTCCAGCCAGTGTTGAACGGCATAGCTGGCGGTGAAGTCTTCTGTGTGGTGATCGACCAGCCACGCAGTATCGACGCCATGTTCGACTTTTGCGGTGGTGATATTGCTGCGTTTCATCAGTTCAAGGCTGACCGATTCGCGCAGGATCAGCGCGTCGCAGTGACCAAAAACGTAGTTCGCCAGTTGGTTAAATTGCTCATCCTGGAATGGACCAACGCTGTGACCAATCAT > NC_012971/2016397‑2016980 | gTGGCAAAGTTCATCGAGATAATGGCAGAGTGCAGGCGCGTACCGACGGTGAGTTCACAGGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACCACGTGGTAACGGGCAGGATCGCTGATGTGCTGGCGAAGATTGAGCGCCACCATGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCGATGCCCGTACAGGTGGAAAGCGCAATCACCTGATACCCTTCGTCGAGAATGCGATTGACCACCCAGGCAAAGGCTTTTTCCTACGCTTGCTGAGTGGTGCCGAGACGTTTGTc > 2:78127/1‑299 (MQ=255) tttgggtaattgcggagTGTAGGCGCGTGCCGACGGTGGGTGCACGGGCCCCTAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACCGCGTGGTAATGGGTAGGGTCGTTGATGTGCTGGCGAAGATTGAGCGCCACCATGCGGTCGTCTTTGTCATAGCTGTCGATGCCCGTACAGGTGGAAAGCGCAATCACCTGGTACCCTTCGTCGAGAATGCGATTGACCACCCTGGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGCTGAGTGGTGCCGAGACGTTTGTCGAACGGTGCCAGtt < 2:466002/286‑1 (MQ=255) tCGAGATAATGGCAGAGTGCAGGCGCGTACCGACGGTGAGTTCACAGGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACCACGTGGTAACGTGCAGGATCGCTGATGTGCTGGCGAAGATTGAGCGCCACCATGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCGATGCCCGTACAGGTGTAAAGCGCAATCACCTGATACCCTTCGTCGAGAATGCGATTGACCACCCCGGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGCTGAGTGGTGCCTAGACGTTTGTCGAACGGTGCCAGtt < 2:395733/300‑1 (MQ=255) gagaTAATGGCAGAGTGCAGGCGCGTACCGACGGTGAGTTCACAGGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACCACGTGGTAACGGGCAGGATCGCTGATGTGCTGGCGAAGNTTGAGCGCCACCATGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCGATGCCCGTACAGGTGGAAAGCGCAATCACCTGATACCCTTCGTCGAGAATGCGATTGACCACCCCGGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGCTGAGTGGTGCCGAGACGTTTGTCGAACGGTGCCAGtt < 2:246057/298‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |