| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012971 | = 2519344 | 107 (1.110) | 20 (0.230) | 17/540 | 3.7 | 16.1% | intergenic (+84/‑582) | ECD_RS25300/timP | IS3‑like element ISEcB1 family transposase/small toxic inner membrane protein TimP |
| ? | NC_012971 | 2519671 = | 110 (1.250) | intergenic (+411/‑255) | ECD_RS25300/timP | IS3‑like element ISEcB1 family transposase/small toxic inner membrane protein TimP | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
AGGAAGGGGAACTGTCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAACAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTT > NC_012971/2519048‑2519637 | agtaaggGGAACTGTCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTGGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACt < 2:414299/297‑1 (MQ=255) ggAACTGTCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTa < 1:446140/300‑1 (MQ=255) aCTGTCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTaaat > 1:120799/1‑297 (MQ=255) gTCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGCCTTGTGTTAAATGa > 2:116264/1‑299 (MQ=255) tCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGc < 1:670211/300‑1 (MQ=255) aCAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGc < 1:429520/300‑1 (MQ=255) gTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAACTTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTATGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTaaacagataacacaaatgct > 2:16383/1‑280 (MQ=255) gTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCATGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTCCATGAGCAACGCAGGTGCt > 2:19146/1‑299 (MQ=255) gtgtTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCNGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATCCTCACCAGTAACTCTCtttt > 2:590077/1‑300 (MQ=255) tGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCaa < 1:82576/299‑1 (MQ=255) gAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAagaga > 1:17938/1‑300 (MQ=255) acacAAGAATATCAGCGGGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTTCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGGTAGCTGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTATATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACTAGTAACTCTTTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGt < 1:217383/300‑1 (MQ=255) caAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGGGTa > 1:479637/1‑298 (MQ=255) caAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAat > 1:485675/1‑300 (MQ=255) caAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCAAAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAat > 2:184906/1‑300 (MQ=255) caAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAAACATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTCCCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGCCttacagtacat > 1:485667/1‑218 (MQ=255) gAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGtttattt < 1:676562/299‑1 (MQ=255) gcgcATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACCTGCGCAACGCAGGTGCTTCACCGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGta > 2:389377/1‑300 (MQ=255) gcgcATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGta > 2:485964/1‑300 (MQ=255) 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ttCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAACAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCCCTTTCCTTTaacaaacaaaacacatacaaaataaggaggttt > 2:454535/1‑278 (MQ=255) ttCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAACAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAGCCGACAAAATCAGGCGGttt > 2:455134/1‑300 (MQ=255) agGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAACAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAAACGCCAAAATCAGGTGGTTTTttgtt > 1:33143/1‑299 (MQ=255) | AGGAAGGGGAACTGTCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAACAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTT > NC_012971/2519048‑2519637 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |