| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 4,486,869 | T→A | L218M (TTG→ATG) | lptF → | lipopolysaccharide transport system protein LptF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,486,869 | 0 | T | A | 95.0% | 305.2 / 6.3 | 101 | L218M (TTG→ATG) | lptF | lipopolysaccharide transport system protein LptF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (57/39); minor base C (0/5); total (57/44) | |||||||||||
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GGGCGGGACCGTGGTCATCGCGTCATCAGGATGAAGTGTTAGCAGAAGCGAAAGCGAACCCTGGCATGGCGGCGCTGGCGCAAGGGCAATTCCAGCAAGCGACTAATGGCAGCTCGGTGCTGTTCATCGAAAGCGTTGACGGCAGCGATTTCAAAGATGTGTTCCTCGCGCAAATTCGACCAAAAGGTAATGCACGTCCTTCTGTGGTGGTGGCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCA‑TTGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCC > NC_000913/4486573‑4487163 | gggccagACCGTGGTCANCGCGTCATCAGGATGAAGNGTTAGCACAAGCGAAAGCGAACCCTGGCATGGCGGCGCTGGCGCAAGGGCAATTCCAGCAAGCGACTAATGGCAGCTCGGTGCTGTTCATCGAAAGCGTTGACGGCAGCGATTTCAAAGATGTGTTCCTCGCGCAAATTCGACCAAAAGGTAATGCACGTCCTTCTGTGGTGGTGGCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTNGAAGGCACTGCA‑ATGt < 1:703949/294‑1 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gAAGTGTTAGCAGCAGCGAAAGCGAACCCCCGCATGGCGGCGCTGCCGCAAGGGCAATTCCAGCAAGCGACTAACGGCAGCTCGGTGCTGGTCATCGAAAGCGTTGACGGCAGCGATTTCAAAGATGTGTTCCTCGCGCAAATTCGACCAAAAGGTAATACACGTCCTTCTTTGGTGGTGGCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCTACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAACCGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGa < 2:285400/300‑1 (MQ=255) gAAGTGTTAGCAGAAGCGAAAGCGAACCCTGGCATGGCGGCGCTGGCGCAAGGGCAATTCCAGCAAGCGACTAATGGCAGCTCGGTGCTGTTCATCGAAAGCGTTGACGGCAGCGATTTCAAAGATGTGTTCCTCGCGCAAATTCGACCAAAAGGTAATGCACGTCCTTCTGTGGTGGTGGCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCAATCTCAACCAGGGAACGCGCTTAGAAGGCACTGCA‑ATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGAt > 2:554017/1‑300 (MQ=255) gAAGTGTTAGCAGAAGCGAAAGCGAACCCCGGCATGGCGGCGCTGCTGCAAGGGCAATTCCAGCAAGCGACTAACGGCAGCTCGGTGCTGTTCATCGAAAGCGTTGACGGCAGCGATTTCAAAGATGTGTTCCTCGCGCAAATTCGACCAAAAGGTAATGCACGTCCTTCTGTGGTGGTGGCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAACCGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGa < 2:285412/300‑1 (MQ=255) 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gCACTGCA‑ATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCAAGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCt > 2:569831/1‑300 (MQ=255) cTGCA‑ATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGNCATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCNTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTcc > 2:639921/1‑299 (MQ=255) cTGCA‑ATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGTTGTATTTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTccc > 2:313612/1‑300 (MQ=255) cTGCA‑ATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATTCAGCCCtac > 2:210826/1‑297 (MQ=255) cTGCA‑ATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTcc > 2:323872/1‑299 (MQ=255) | GGGCGGGACCGTGGTCATCGCGTCATCAGGATGAAGTGTTAGCAGAAGCGAAAGCGAACCCTGGCATGGCGGCGCTGGCGCAAGGGCAATTCCAGCAAGCGACTAATGGCAGCTCGGTGCTGTTCATCGAAAGCGTTGACGGCAGCGATTTCAAAGATGTGTTCCTCGCGCAAATTCGACCAAAAGGTAATGCACGTCCTTCTGTGGTGGTGGCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCA‑TTGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCC > NC_000913/4486573‑4487163 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |