| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,337,864 | C→T | V22V (GTG→GTA) | adiY ← | DNA‑binding transcriptional activator AdiY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,337,864 | 0 | C | T | 99.2% | 443.8 / NA | 127 | V22V (GTG→GTA) | adiY | DNA‑binding transcriptional activator AdiY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (78/48); minor base G (0/1); total (78/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
ATGCGCGTGTTCGTTCCTTTTCTGACTCAGTTTCTGCGGGCATCATGCTGTGTTGCGCGGCAACGCGAAAGACGTCTGGCGTCAGGCATGGCAGGGTGAGTATGGGCGTAGCGCTACGTTGCCATACTGGTATTTGCGAGAGATCTTTATTCAGAAACCGGAGGTAATCTTTGATGATGTCGTGACTAATATGAGCAACCAAAGTGTTGTTAAGAGAGGAGACGTCGATAATATTATTTTCACAATTTAATAACGCCATATGGTTAGCTTTAAGGCTAATAGGTTCTTTCCCATTCACCCTTATCCAGACATCTTTTTCAGTCAATAAAACAATACAAGGTTGGTCGCTGCAAATCCTCATACATGTACTCCTGAGTGCGAATAAAAGACCAGTTCTCGCTAAAGCAAAGCGATACCGGGAAATGGTTATATAATTGTATGATGAATATAAACATGCATAAAAATAACGAGTTTTACTAATAGTACAAATTTTTATAGTAATTTCTCATGTACATATTTTTTTACAGGATAAATAACAGGCAAAAAAAAGCGCGGGGTGGGGCCGCGCAAAAAGTATGACATTTTTGTTT > NC_000913/4337569‑4338158 | atGCGCGTGTTCGTTCCTTTTCTGACTCAGTTTCTGCGGGCATCATGCTGTGTTGCGCGGCAACGCGAAAGACGTCTGNCGTCAGGCATGGCAGGGTGAGTATGGGCGTAGCGCTACGTTGCCATACTGGTATTTGCGAGAGATCTTTATTCAGAAACCGGAGGTAATCTTTGATGATGTCGTGACTAATATGAGCAACCAAAGTGTTGTTAAGAGAGGAGACGTCGATAATATTATTTTCACAATTTAATAACGCCATATGGTTAGCTTTAAGGCTAATAGGTTCTTTCCCATTTAccc < 1:610706/300‑1 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ttCCCATTTACCCTTATCCAGACATCTTTTTCAGTCAATAAAACAATACAAGGTTGGTCGCTGCAAATCCTCATACATGTACTCCTGAGTGCGAATAAAAGACCAGTTCTCGCTAAAGCAAAGCGATACCGGGAAATGGTTATATAATTGTATGATGAATATAAACATGCATAAAAATAACGAGTTTTACTAATAGTACAAATTTTTATAGTAATTTCTCATGTACATATTTTTTTACAGGATAAATAACAGGCAAAAAAAAGCGCGGGGTGGGGCCGCGCAAAAAGTATGACATTtttg < 1:79458/300‑1 (MQ=255) cATTTACCCTTATCCAGACATCTTTTTCAGTCAATAAAACAATACAAGGTTGGTCGCTGCAAATCCTCATACATGTACTCCTGAGTGCGAATAAAAGACCAGTTCTCGCTAAAGCAAAGCGATACCGGGAAATGGTTATATAATTGTATGATGAATATAAACATGCATAAAAATAACGAGTTTTACTAATAGTACAAATTTTTATAGTAATTTCTCATGTACATATTTTTTTACAGGATAAATAACAGGCAAAAAAAAGCGCGGGGTGGGGCCGCGCAAAAAGTATGACATTtttgttt > 2:715883/1‑299 (MQ=255) cATTTACCCTTATCCAGACATCTTTTTCAGTCAATAAAACAATACAAGGTTGGTCGCTGCAAATCCTCATACATGTACTCCTGAGTGCGAATAAAAGACCAGTTCTCGCTAAAGCAAAGCGATACCGGGAAATGGTTATATAATTGTATGATGAATATAAACATGCATAAAAATAACGAGTTTTACTAATAGTACAAATTTTTATAGTAATTTCTCATGTACATATTTTTTTACAGGATAAATAACAGGCAAAAAAAAGCGCGGGGTGGGGCCGCGCAAAAAGTATGACATTtttgttt > 1:138487/1‑299 (MQ=255) | ATGCGCGTGTTCGTTCCTTTTCTGACTCAGTTTCTGCGGGCATCATGCTGTGTTGCGCGGCAACGCGAAAGACGTCTGGCGTCAGGCATGGCAGGGTGAGTATGGGCGTAGCGCTACGTTGCCATACTGGTATTTGCGAGAGATCTTTATTCAGAAACCGGAGGTAATCTTTGATGATGTCGTGACTAATATGAGCAACCAAAGTGTTGTTAAGAGAGGAGACGTCGATAATATTATTTTCACAATTTAATAACGCCATATGGTTAGCTTTAAGGCTAATAGGTTCTTTCCCATTCACCCTTATCCAGACATCTTTTTCAGTCAATAAAACAATACAAGGTTGGTCGCTGCAAATCCTCATACATGTACTCCTGAGTGCGAATAAAAGACCAGTTCTCGCTAAAGCAAAGCGATACCGGGAAATGGTTATATAATTGTATGATGAATATAAACATGCATAAAAATAACGAGTTTTACTAATAGTACAAATTTTTATAGTAATTTCTCATGTACATATTTTTTTACAGGATAAATAACAGGCAAAAAAAAGCGCGGGGTGGGGCCGCGCAAAAAGTATGACATTTTTGTTT > NC_000913/4337569‑4338158 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |