| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,222,743 | C→T | intergenic (‑256/+61) | arpA ← / ← iclR | regulator of acetyl CoA synthetase/DNA‑binding transcriptional repressor IclR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,222,743 | 0 | C | T | 99.0% | 336.6 / NA | 98 | intergenic (‑256/+61) | arpA/iclR | regulator of acetyl CoA synthetase/DNA‑binding transcriptional repressor IclR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (40/56); minor base G (0/1); total (41/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGCAGAGAAAGAACTACGAGGAATACGAGTAATCATTTAAATATCTCATTGTTTATTGATGTCTTGAATTTTAACTATCAGAACAGTGAAAAAATTTAATATGATTACAACTAAAGAAATATCATAAATCGCTCAATCTCATAATGCAGCCGTAAAAGTTTCGGTGGAATGAGATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCAC‑TCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAATAGAAATTGCGGCAAACGGTTCACGGTGCTCATCGAAAATACACGCTGCAAGGCAACGTAGCCCCAGTGCATGTTCCTCATCGTCAAATGAATAACCCCGTTTGCGCGTTTGGGCGAGAT > NC_000913/4222451‑4223030 | ttGCATAGAAGGAACTACGAGGAATACGAGTAATCATTTAAATATCTCATTGTTTATTGATGTCTTGAATTTTAACTATCAGAACAGTGAAAAAATTTAATATGATTACAACTAAAGAAATATTATAAATCGCTCAATCTCATAATGCAGCCGTAAAAGTTTCGCTGGAATGAGATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACTCTTATTc < 2:576340/300‑1 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aTTAACAGACACTCTTATTCTATTGCCAC‑TCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAATAGAAATTGCGGCAAACGGTTCACGGTGCTCATCGAAAATACACGCTGCAAGGCAACGTAGCCCAAGTGCATGTTCCTCATCGTCAAATGAATAACCCAGTTTGCGCGTTTGGGCGAGAt > 2:26550/1‑300 (MQ=255) | TTGCAGAGAAAGAACTACGAGGAATACGAGTAATCATTTAAATATCTCATTGTTTATTGATGTCTTGAATTTTAACTATCAGAACAGTGAAAAAATTTAATATGATTACAACTAAAGAAATATCATAAATCGCTCAATCTCATAATGCAGCCGTAAAAGTTTCGGTGGAATGAGATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCAC‑TCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAATAGAAATTGCGGCAAACGGTTCACGGTGCTCATCGAAAATACACGCTGCAAGGCAACGTAGCCCCAGTGCATGTTCCTCATCGTCAAATGAATAACCCCGTTTGCGCGTTTGGGCGAGAT > NC_000913/4222451‑4223030 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |