| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.42e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
AATTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCAGCATTAAGGAATTTTTTTAACGGAATCCTTGGTTTCTTTTTCGAGTCCGAATTTACAATATCATGCATATAGACCATTTCATGAATCTGCGAAAATTCAATGTCCATTGTATACCTCACATTTTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGTTAAAATCACAATGGGGTCTGGTTTAAATTATATTGAACAAGAATCTCTTGGAGGAAAATATCTAACACATGATTTGTCAATAAAGATAGCGGATATTTCTGAAGAGATAATTCAGCAAGCAATAT > NC_000913/2990192‑2990779 | aaTTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCAGCATTAAGGAATTTTTTTAACGGAATCCTTGGTTTCTTTTTCGAGTCCGAATTTACAATATCATGCATATAGACCATTTCATGAATCTGCGAAAATTCAATGTCCATTGTATACCTCACATTTTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAgg < 1:356321/296‑1 (MQ=255) 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gTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTAACACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGTTAAAATCACAATGGGGTCTGGTTTAAATTATATTGAACAAGAATCTCTTGGAGGAAAATATCTAACACATGATTTGTCAATAAAGATAGCGGATATTTCTGAAAAGATAATTCagcaagca > 2:381158/1‑300 (MQ=255) ccATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGTTAAAATCACAATGGGGTCTGGTTTAAATTATATTGAACAAGAATCTCTTGGAGGAAAATATCTAACACATGATTTGTCAATAAAGATAGCGGATATTTCTGAAGAGATAATTCAGCAAGCAatat > 1:251311/1‑300 (MQ=255) ccATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGTTAAAATCACAATGGGGTCTGGTTTAAATTATATTGAACAAGAATCTCTTGGAGGAAAATATCTAACACATGATTTGTCAATAAAGATAGCGGATATTTCTGAAGAGATAATTCAGAAAGCAatat > 1:842528/1‑300 (MQ=255) | AATTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCAGCATTAAGGAATTTTTTTAACGGAATCCTTGGTTTCTTTTTCGAGTCCGAATTTACAATATCATGCATATAGACCATTTCATGAATCTGCGAAAATTCAATGTCCATTGTATACCTCACATTTTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGTTAAAATCACAATGGGGTCTGGTTTAAATTATATTGAACAAGAATCTCTTGGAGGAAAATATCTAACACATGATTTGTCAATAAAGATAGCGGATATTTCTGAAGAGATAATTCAGCAAGCAATAT > NC_000913/2990192‑2990779 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |