| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 1,470,627 | 0 | C | A | 25.2% | 283.4 / 11.3 | 127 | pseudogene (109/3495 nt) | ydbA | putative outer membrane protein, N‑terminal fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/68); new base A (32/0); total (59/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
GAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTT‑TTGCTTTTGTTACTGGTG‑AAAATAC‑AACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGTTATTACAAAATGGTAAAGATCCGGCACCGTCTCCCATTGTTTTACTGGCTACTAACGGAGGGAGCGCCACTAATGCAGGTACGATCACAGGTAAAGTGACGGAACAACATAGCGTATTTAACAAGTATTCAACGGGCACATCGAATTCATTTATTTTTAATAACGATGTCAGTAGCATAACAGGGTTAGTCGCTCAATCGAATAGCACA‑ATTATCAATACTGACAGCGGCATCATTGATTTGTATGGTCGTGGTAGTGTCGGCATGCTTGCTATAGCAGATTCAACAGCAGAAAATCAGGGTAAAATTACACTGGATTCTATGTGGGTAGAT > NC_000913/1470338‑1470926 | acaAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTT‑TTGCTTTTGTTACTGGTG‑AAAATAC‑AACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGTTATTACAAAATGGTAAAGATCCGGCACCGTCTCCCATTGTTTTACTg < 1:731851/300‑1 (MQ=255) 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GAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTT‑TTGCTTTTGTTACTGGTG‑AAAATAC‑AACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGTTATTACAAAATGGTAAAGATCCGGCACCGTCTCCCATTGTTTTACTGGCTACTAACGGAGGGAGCGCCACTAATGCAGGTACGATCACAGGTAAAGTGACGGAACAACATAGCGTATTTAACAAGTATTCAACGGGCACATCGAATTCATTTATTTTTAATAACGATGTCAGTAGCATAACAGGGTTAGTCGCTCAATCGAATAGCACA‑ATTATCAATACTGACAGCGGCATCATTGATTTGTATGGTCGTGGTAGTGTCGGCATGCTTGCTATAGCAGATTCAACAGCAGAAAATCAGGGTAAAATTACACTGGATTCTATGTGGGTAGAT > NC_000913/1470338‑1470926 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |