| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,804,350 | C→T | G256D (GGT→GAT) | waaS ← | lipopolysaccharide core biosynthesis protein WaaS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,804,350 | 0 | C | T | 98.9% | 336.6 / NA | 93 | G256D (GGT→GAT) | waaS | lipopolysaccharide core biosynthesis protein WaaS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (43/49); minor base G (0/1); total (43/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCTGAAGGTAGTAATAACATCACGGATGACAGTTTCCATGCCGCCAAATCCAGAAACAGCTTCGCCGATAAACGCTATTTTCATAGAAACTCTCATTAATTGAGTAAAACTCACTGTTTTAACGGTTTTATTTGTCTATAAAATCAGAAACAATCGTTGACATCATTTTATCTGGACTGAATTTATATAAACTATCATAATCCATTGGTTTAACAGATGAGTTAATAAAATACTCTAACTTATCCCAATCATCATGACCTATTATAAAAAAGCGAGATTCACTATAGATTTCTGAACCAAATACATTTATATTATTAGTAATTAATTTTTTATTGAAAAATAGTGCCTCAAGTATACGAAGAGTCCAGCCAGATTGGTTTTCTTTGGTTATATCAACAATTATATTAGCATTTAATGTTCTTCTAATATTCTCTTCATAAGATATTTGTTTTTCAATCAAATACTTTGAAGTCGTAGATGATGTCTTATCTTTGACAACATTAAAATCTAGCTTACATCCTAGTGTTGTTAATCTCTCGGCTAACTCATTAATTATTTGAAGACGCCCTTTATCACGACCAAGGAAAAAAC > NC_000913/3804054‑3804644 | ccTGAAGGTAGTAATAACATCACGGATGACAGTTTCCATGCCGCCAAATCCAGAAACAGCTTCGCCGATAAACGCTATTTTCATAGAAACTCTCATTAATTGAGTAAAACTCACTGTTTTAACGGTTTTATTTGTCTATAAAATCAGAAACAATCGTTGACATCATTTTATCTGGACTGAATTTATATAAACTATCATAATCCATTGGTTTAACAGATGAGTTAATAAAATACTCTAACTTATCCCAATCATCATGACCTATTATAAAAAAGCGAGATTCACTATAGATTTCTGAATCaa > 2:667571/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |