| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,339,315 | C→T | intergenic (‑155/‑15) | ribA ← / → pgpB | GTP cyclohydrolase 2/phosphatidylglycerophosphatase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,339,315 | 0 | C | T | 98.6% | 260.0 / NA | 72 | intergenic (‑155/‑15) | ribA/pgpB | GTP cyclohydrolase 2/phosphatidylglycerophosphatase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (40/31); minor base G (0/1); total (40/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTACCGGGGTATGCCCGGAAATATCGCCATAGACTAGCGCGACATGATCGTGTCCGGTTGCCAGTTCTTCAAATCCCACCATCAGGAAATCGCCCCATGGGGTTGGCAGTTTGGCTTCTGCCACACGTTTAAGCTGCATGAAATTCTCCAGATAATGCTGGTTCTGTATTGGCTTATTTTGCCATAACGAGAAGGGGTTCACCTAATCACGACGCGTCGATCGTTCACGGAATGGCACAAATCTGTCAATTTTTCCTGGAACTGGCGTTTTCAGTTATGATTGTGGGACTTATCAAAAAGGAGAGGCCATGCGTTCGATTGCCAGACGTACCGCAGTGGGAGCTGCACTATTGCTTGTCATGCCAGTAGCCGTATGGATTTCTGGCTGGCGTTGGCAACCTGGAGAACAAAGTTGGCTACTAAAAGCGGCTTTTTGGGTTACTGAAACTGTCACCCAGCCCTGGGGCGTCATTACACATTTGATTTTATTCGGCTGGTTTCTCTGGTGTCTGCGTTTTCGCATTAAGGCTGCCTTTGTATTATTTGCCATTCTGGCGGCCGCAATCCTTGTGGGACAAGGCGTTAAAT > NC_000913/1339022‑1339609 | gTACCGGGGTATGCCCGGAAATATCGCCATAGACTAGCGCGACATGATCGTGTCCGGTTGCCAGTTCTTCAAATCCCACCATCAGGAAATCGCCCCATGGGGTTGGCAGTTTGGCTTCTGCCACACGTTTAAGCTGCATGAAATTCTCCAGATAATGCTGGTTCTGTATTGGCTTATTTTGCCATAACGAGAAGGGGTTCACCTAATCACGACGCGTCGATCGTTCACGGAATGGCACAAATCTGTCAATTTTTCCTGGAACTGGCGTTTTCAGTTATGATTGTGGGACTTATTaaaaa > 1:20656/1‑299 (MQ=255) atatCGCCATAGACTAGCGCGACATGATCGTGTCCGGTTGCCAGTTCTTCAAATCCCACCATCAGGAAATCGCCCCATGGGGTTGGCAGTTTGGCTTCTGCCACACGTTTAAGCTGCATGAAATTCTCCAGATAATGCTGGTTCTGTATTGGCTTATTTTGCCATAACGAGAAGGGGTTCACCTAATCACGACGCGTCGATCGTTCACGGAATGGCACAAATCTGTCAATTTTTCCTGGAACTGGCGTTTTCAGTTATGATTGTGGGACTTATTAAAAAGGAGAGGCCATGCGTTCGAt > 2:23854/1‑299 (MQ=255) gCCATAGACTAGCGCGACATGATCGTGTCCGGTTGCCAGTTCTTCAAATCCCACCATCAGGAAATCGCCCCATGGGGTTGGCAGTTTGGCTTCTGCCACACGTTTAAGCTGCATGAAATTCTCCAGATAATGCTGGTTCTGTATTGGCTTATTTTGCCATAACGAGAAGGGGTTCACCTAATCACGACGCGTCGATCGTTCACGGAATGGCACAAATCTGTCAATTTTTCCTGGAACTGGCGTTTTCAGTTATGATTGTGGGACTTATTAAAAAGGAGAGGCCATGCGTTCGATTGCCa > 2:41143/1‑299 (MQ=255) aTAGACTAGCGCGACATGATCGTGTCCGGTTGCCAGTTCTTCAAATCCCACCATCAGGAAATCGCCCCATGGGGTTGGCAGTTTGGCTTCTGCCACACGTTTAAGCTGCATGAAATTCTCCAGATAATGCTGGTTCTGTATTGGCTTATTTTGCCATAACGAGAAGGGGTTCACCTAATCACGACGCGTCGATCGTTCACGGAATGGCACAAATCTGTCAATTTTTCCTGGAACTGGCGTTTTCAGTTATGATTGTGGGACTTATTAAAAAGGAGAGGCCATGCGTTCGATTGCCAGACg < 1:496042/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |