| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,160,765 | G→A | A9V (GCC→GTC) | sthA ← | soluble pyridine nucleotide transhydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,160,765 | 0 | G | A | 98.7% | 259.0 / NA | 76 | A9V (GCC→GTC) | sthA | soluble pyridine nucleotide transhydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (39/36); minor base C (1/0); total (40/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCCCTGACGCATGCGCGTTTGTTGATTAATCACGTTATCGGCATGGTTAAGGATATCGGCAAAAGAAGAGCGGAGCAGTCGGGAATGGTCGCTGTAAAGTGGGTTTTGATTGAATTCTATAATGCGGCTGACGGCGTGACGGAGAGCTTTCGACGGGATGGTGCCCCAGTGGGTGCAACCGCCGCCAACATTTTGATAACGCTCGATAACTGCGACGCGCGCACCTTGCTTAACCAGGCCCATTGCAGCGCCTTCGCCGCCGGGGCCGGAACCTATTACTATGGCATCGTAATCGTAGGAATGTGGCATGGTAGGGCTTACCTGTTCTTATACATAAAAGCAACAGAATGGTAACATTTTATCGCGGGTAAGCCAATTGATCCCCGTCATTTATCTGGCTATATCCTGAGCGGCCTTTGCTTTGTCTGTTTCTTACTTTTGCCCTGACGTTTTATTGGATTTTTATCGACGATACTCTCCGTTTAAGCGGCAGGTTTCCGCTGTACGTAAAAGAACCGGCCAAAGAATTGCAGTAAATATGTTTTATTGCGTTACCGTTCATTCACAATACTGGAGCA > NC_000913/4160482‑4161059 | tccatGACGCATGCGCGTTTGTTGATTAATCACGTTATCGGCATGGTTAAGGATATCGGCAAAAGAAGAGCGGAGCAGTCGGGAATGGTCGCTGTAAAGTGGNTTTTGATTGAATTCTATAATGCGGCTGACGGCNTGACGGAGAGCTTTCGACGGGATGGTGCCCCAGTGGGTGCAACCGCCGCCAACATTTTGATAACGCTCGATAACTGCGACGCGCGCACCTTGCTTAACCAGGCCCATTGCAGCGCCTTCGACGCCGGGGCCGGAACCTATTACTATGACatcgtaatc > 2:563913/5‑294 (MQ=255) aTGCGCGTTTGTTGATTAATCACGTTATCGGCATGGTTAAGGATATCGGCAAAAGAAGAGCGGAGCAGTCGGGAATGGTCGCTGTAAAGTGGGTTTTGATTGAATTCTATAATGCGGCTGACGGCGTGACGGAGAGCTTTCGACGGGATGGTGCCCCAGTGGGTGCAACCGCCGCCAACATTTTGATAACGCTCGATAACTGCGACGCGCGCACCTTGCTTAACCAGGCCCATTGCAGCGCCTTCGCCGCCGGGGCCGGAACCTATTACTATGACATCGTAATCGTAGGAATGTGGCAt < 1:169670/299‑1 (MQ=255) tttGTTGATTAATCACGTTATTGGCATGGTTAAGGATATCGGCAAAAGAAGAGCGGAGCAGTCGGGAATGGTCGCTGTAAAGTGGGTTTTGATTGAATTCTATAATGCTGCTGACGGCGTGACGTAGAGCTTTCGACGGGATGGTGCCCCAGTTGGTGCAACCGCCGCCAACATTTTGATAACGCTCGATAACTGCGACGCGCGCACCTTGCTTAACCAGGCCCATTGCAGCGCCTTCGCCGCCGGGGCCGGAACCTATTACTATGACATCGTAATCGTAGGAATGTGGCATGGTAGGGc < 2:503869/300‑1 (MQ=255) tttGTTGATTAATCACGTTATCGGCATGGTTAAGGATATCGGCAAAAGAAGAGCGGAGCAGTCGGGGATGGTCGCTGTAAAGTGGGTTTTGATTGAATTCTATAATGCGGCTGACGGCGTGACGGAGAGCTTTCGACGGGATGGTGCCCCAGTGGGTGCAACCGCCGCCAACATTTTGATAACGCTCGATAACTGCGACGCGCGCACCTTGCTTAACCATGCCCATTGCAACGCCTTCGCCGCCGGGGCCGGAACCTATTACTATGACATCGTAATCGTAGGAATGTGGCATGGTAGGGc < 2:116135/300‑1 (MQ=255) 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gaATTCTATAATGCGGCTGACGGCGTGACGGAGAGCTTTCGACGGGATGGTGCCCCAGTGGGTGCAACCGCCGCCAACATTTTGATAACGCTCGATAACTGCGACGCGCGCACCTTGCTTAACCAGGCCCATTGCAGCGCCTTCGCCGCCGGGGCCGGAACCTATTACTATGACATCGTAATCGTAGGAATGTGGCATGGTAGGGCTTACCTGTTCTTATACATAAAAGCAACAGAATGGTAACATTTTATCGCGGGTAAGCCAATTGATCCCCGTCATTTATCTGGCTATATCCTGAGc < 2:426547/300‑1 (MQ=255) gaATTCTATAATGCGGCTGACGGCGTGACGGAGAGCTTTCGACGGGATGGTGCCCCAGTGGGTGCAACCGCCGCCAACATTTTGATAACGCTCGATAACTGCGACGCGCGCACCTTGCTTAACCAGGCCCATTGCAGCGCCTTCGCCGCCGGGGCCGGAACCTATTACTATGACATCGTAATCGTAGGAATGTGGCATGGTAGGGCTTACCTGTTCTTATACATAAAAGCAACAGAATGGTAACATTTTATCGCGGGTAAGCCAATTGATCCCCGTCATTTATCTGGCTATATCCTGAGc < 1:350268/300‑1 (MQ=255) gaATTCTATAATGCGGCTGACGGCGTGACGGAGAGCTTTCGACGGGATGGTGCCCCAGTGGGTGCAACCGCCGCCAACATTTTGATAACGCTCGATAACTGCGACGCGCGCACCTTGCTTAACCAGGCCCATTGCAGCGCCTTCGCCGCCGGGGCCGGAACCTATTACTATGACATCGTAATCGTAGGAATGTGGCATGGTAGGGCTTACCTGTTCTTATACATAAAAGCAACACAATGGTAACATTTTATCGCGGGTAAGCCAATTGATCCCCGTCATTTATCTGGCTATATCCTGAGc < 2:679207/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |