| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,304,798 | 0 | T | C | 31.2% | 38.0 / 17.4 | 32 | intergenic (+405/+310) | eco/mqo | serine protease inhibitor ecotin/malate:quinone oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/6); new base C (3/7); total (19/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATC > NC_000913/2304500‑2305078 | ggCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTc > 1:638473/1‑300 (MQ=255) gTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCTAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCCTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGAt > 1:430448/1‑299 (MQ=255) tGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGc < 1:296146/300‑1 (MQ=9) ggTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTc > 1:626761/1‑300 (MQ=14) tCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGTTTGCCTGATTCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTA‑ACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTacac < 1:202113/300‑1 (MQ=255) agtcaaaacgggCGCGTCTTATCCGTCCGACACCGCTGGGAAATGCTCTACCCTTTAGGTCGGATAAATCGTTTATGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCTACGCTGGCGCTTCTTATCAGGCCGACACCGCTGAGAAGTGCTCCACTCCTTAGGTTGGATGAGGCGGTTACGCCGCATCCTACATCCA‑ACGTCCGAGCCGTTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CATG‑CCTACACCGCTGTTAAGTGCTCCAc < 2:287869/267‑1 (MQ=14) ggCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTaacccact > 1:384908/1‑232 (MQ=255) ggCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGA‑CCTCCACAGATGTGACGTGCTCCAcc > 2:36450/1‑254 (MQ=255) acCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGcc < 1:372470/299‑1 (MQ=255) gCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACCCCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGtt > 1:103833/1‑300 (MQ=255) gTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGc > 1:306490/1‑254 (MQ=255) gTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCACATCCGACATCTAACACCCAAGCCGTTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGc < 2:306490/254‑1 (MQ=255) tcaCGCCGCACCCGACATCCAACATCCGCGCCGGTTGCCTGATGCTACACTGGCGCGTCGTATCATGTCTAAATCGCTGTTAAGTGCTTCACCCCTTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGGTGCCGGATGCGACACTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTacac < 2:117077/298‑1 (MQ=11) tCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCTACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTTTTAACTACTCCCCCCCTTCGTTCGGATAAGGCGGTTACGCCACATCCGACA‑CCAGATGTAAGAGCTTTTTGTGGGATTGGA‑GATGG‑GTATAATATACAGGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAg < 1:454868/300‑1 (MQ=9) tCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCAGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCAGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATTTAACGCACAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGGGCGTCTTATCAGGCCTACACAGCt > 2:278510/1‑294 (MQ=255) aCGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTAcgcc > 1:130941/1‑300 (MQ=40) aCGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGTTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgc < 2:633077/186‑1 (MQ=255) ggtctaaacCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTAACCCGCTGTGAAGTGCTCCGCCACGTAGGTCGGATAAGGCGGCTACACCAAATCCGACATCTAACGCCCAAACCGGTTGTCTGATACGAAGCTGGCGCGTCTTATCAGTTCCACACCGCTGTGAAGTGCTCCAACCCGTCGATTGGATAAGGCGGTTa > 2:498142/8‑277 (MQ=14) ggCCTACACCGCTGTTAAGTGCTTCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTacac < 2:182368/235‑1 (MQ=255) ggCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGTCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCCTCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACAGATTTGCCGTGCTCCCCCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCACCATCTAACGcc > 2:107207/1‑300 (MQ=14) ggCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGc > 1:458543/1‑135 (MQ=255) ggCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGNCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTCTCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATGAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTACCGcc > 2:239257/1‑300 (MQ=255) ggCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATc > 2:617865/1‑225 (MQ=255) ggCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGcc > 1:684084/1‑300 (MQ=255) ggCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGGTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGc < 2:458543/135‑1 (MQ=255) cTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGa > 1:671630/1‑300 (MQ=255) cTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCACTATGAAGTACTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCAGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGAAGCTGGAGCGTCTTATCAGGCATACACAGCTGTGAAGCGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATATAACGcccta > 1:671635/1‑298 (MQ=14) tccacCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCTTAGGTTAGATAAGGCGGGTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAACCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATc < 2:638473/287‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCAGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGTCGGTTGCCt > 2:21825/1‑299 (MQ=255) gacaaGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATc > 1:277783/4‑300 (MQ=11) ttACGCCACATCCGACATCCA‑ACGCCCGATCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCTTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGcc < 1:183284/300‑1 (MQ=255) gcATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAG‑CAGG‑CCTACACCGCCTTGAAGTGCTCCACCCCATAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGTTTCTTATCGTGCCTACACCGCTTTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTGGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATc < 2:277783/298‑1 (MQ=11) | GGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT‑CAGG‑CCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATC > NC_000913/2304500‑2305078 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |