| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,639,284 | A→G | Q369Q (CAA→CAG) | creD → | putative inner membrane protein CreD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,639,284 | 0 | A | G | 98.8% | 262.6 / ‑4.6 | 86 | Q369Q (CAA→CAG) | creD | putative inner membrane protein CreD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (46/38); total (47/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 | |||||||||||
AACTTCCCGGCGTTTAGCGTCGCAGTAACGACGCCAGCCGATCAATACCAATTAACTGACCGGGCGACTAAGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATACCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGA‑TTGGGGCGATAATGAACGGTATTTATTTGCAAGCGGTATTGAAAGGTTGGTGCAACAGCATGTTGTT‑TACCCTCGCGC‑TGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCTGGCCGGCATGATGTTTGTGACCCGTAATATCGACTGGTATGCGTTTTCACTGCCGAAAATGAAAGCCAGTAAAGAAGTTACAACGGACGATGAGTTACGTATCTGGAAATAAGGTTGAAAAATAAAAACGGCGCTAAAAAGCGCCGTTTTTT > NC_000913/4638997‑4639570 | aaCTTCCCCGCGTTTAGCGTCGCAGTGACGACGCCAGCCGATCAATACCAATTAACGGACCGGGCGACTAAGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGA‑TTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGaaa < 1:441623/300‑1 (MQ=255) gTTTAGCGTCGCAGTGACGACGCCAGCCGATCAATACCAATTAACGGACCGGGCGACTAAGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGA‑TTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCa < 1:440902/299‑1 (MQ=255) gTTTAGCGTCGCAGTGACGACGCCAGCCGATCAATACCAATTAACGGACCGGGCGACTAAGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGACAGTCTGA‑TTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCaa > 2:492210/1‑300 (MQ=255) tAGCGTCGCAGTGACGACGCCAGCCGATCAATACCAATTAACGGACCGGGCGACTAAGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGA‑TTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAg < 1:206666/300‑1 (MQ=255) gaGCGTCGCATTGACGACGCCAGCCGATCAATACCAATTAACGGACCGGGCGACTAGGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGA‑TTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAg < 1:206619/299‑1 (MQ=255) atcGTCGCATTGACGACGCCAGCCGATCAATACCAATTAACGTACCGTGCGACTAAGTACTCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTGTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGTTGGGGCTTTCATNGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTTAACATATCGGTTTTACCTTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGA‑TTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAg < 2:496440/297‑1 (MQ=255) agtgacgacgCCAGCCGATCAATACCAATTAACGGACCGGGCGACTAAGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGA‑TTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCAtgttgt < 1:57166/295‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |