| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,637,943 | T→G | L416L (CTT→CTG) | creC → | sensory histidine kinase CreC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,637,943 | 0 | T | G | 98.6% | 226.5 / NA | 69 | L416L (CTT→CTG) | creC | sensory histidine kinase CreC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (35/33); total (35/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACTGCTGTTGATGTGGCGGCATTATTCCGCCGCGTCAGCGAAGCGCGCACCGTGCAGTTGGCAGAAAAAAAAATCACTCTGCATGTTACGCCCACCGAGGTTAACGTTGCTGCTGAACCGGCGTTACTGGAGCAGGCGCTGGGAAATTTACTGGATAACGCCATCGATTTTACCCCCGAGAGCGGTTGCATCACGCTAA‑GCGCCGAAGTGGATCAGGAACACGT‑CACGCTTAAGGTGCTGGATACCGGTAGTGGTATTCCTGACTACGCGCTTTCACGTATTTTTGAACGCTTTTACTCTTTGCCTCGTGCAAATGGGCAAAAAAGCAGCGGTCTGGGGTTGGCGTTCGTCAGTGAGGTCGCCCGTTTGTTTAACGGCGAAGTCACGCTGCGCAACGTGCAGGAAGGTGGCGTGCTGGCCTCGCTTCGACTTCACCGTCACTTCACATAGCTTCAAATTCTTCCCACATAGTCTTCGTATCCTGCTGCCATTGCAAAGGAGAAGACTATGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTGGTGCAGTATTGCTG > NC_000913/4637670‑4638234 | gACTGTTGTTGATGTGGCGGCATTATTTCGCCGCGTCAGCGAAGCGCGCACCGTGCAGTTGGCAGAAAAAAACATCACTCTACATGTTATGCCCACTGAGGTTAATGTTGCTGCTGAACCGGCGTTACTGGAGCAGGCGCTGGGGAATTTACTGGATAACGCCATCGATTTTACCCCCGAGAGCGGTCGCATAACGCTAA‑GCGCCGAAGTGGATCAGGAACACGT‑CGCCCTTAAGGTGCTGGATACCGGTAGTGGTATTCCTGACTACGCGCTGTCACGTATTTTTGAACGCTTTTActc < 2:683930/300‑1 (MQ=255)gACTGTTGTTGATGTGGCGGCATTATTTCGCCGCGTCAGCGAAGCGCGCACCGTGCAGTTGGCAGAAAAAAACATCACTCTACATGTTATGCCCACTGAGGTTAATGTTGCTGCTGAACCGGCGTTACTGGAGCAGGCGCTGGGGAATTTACTGGATAACGCCATCGATTTTACCCCCGAGAGCGGTCGCATAACGCTAA‑GCGCCGAAGTGGATCAGGAACACGT‑CGCCCTTAAGGTGCTGGATACCGGTAGTGGTATTCCTGACTACGCGCTGTCACGTATTTTTGAACGCTTTTActc < 1:555474/300‑1 (MQ=255) aCTGTTGTTGATGTTGCGGCATTATTTCGCCGCGTCAGCGAAGCGCGCACCGTGCAGTTGGCAGAAAAAAACATCACTCTACATGTTATGCCCACTGAGGTTAATGTTGCTGCTGAACCGGCGTTACTGGAGCAGGCGCTGGGGAATTTACTGGATAACGCCATCGATTTTACCCCCGAGAGCGGTCGCATAACGCTAA‑GCGCCGAAGTGGATCAGGAACACGT‑CGCCCTTAAGGTGCTGGATACCGGTAGTGGTATTCCTGACTACGCGCTGTCACGTATTTTTGAACGCTTTTActc < 2:5725/299‑1 (MQ=255) ttgTTGATGTGGCGGCATTATTTCGCCTCGTCAGCGAAGCGCGCACCGTGCAGTTGGCAGAAAAAAACATCACTCTACATGTTATGCCCACTGAGGTTAATGTTGCTGCTGAACCGGCGTTACTGGAGCAGGCGCTGGGGAATTTACTGGATAACGCCATCGATTTTACCCCCGAGAGCGGTCGCATAACGCTAA‑GCGCCGAAGTGGATCAGGAACACGT‑CGCCCTTAAGGTGCTGGATACCGGTAGTGGTATTCCTGACTACGCGCTGTCACGTATTTTTGAACGCTTTTACTCTTTGc < 2:649658/299‑1 (MQ=255) ttgTTGATGTGGCGGCATTATTTCGCCGCGTCAGCGAAGCGCGCACCGTGCAGTTGGCAGAAAAAAACATCACTCTACNTGTTATGCCCACTGAGGTTAATGTTGCTGCTGAACCGGCGTTACTGGAGCAGGCGCTGGGGAATTTACTGGATAACGCCATCGATTTTACCCCCGAGAGCGGTCGCATAACGCTAA‑GCGCCGAAGTGGATCAGGAACACGT‑CGCCCTTAAGGTGCTGGATACCGGTAGTGGTATTCCTGACTACGCGCTGTCACGTATTTTTGAACGCTTTTACTCTTTGc < 1:505852/299‑1 (MQ=255) ttgTTGATGTGGCGGCATTATTTCGCCGCGTCAGCGAAGCGCGCACCGTGCAGTTGGCAGAAAAAAACATCACTCTACATGTTATGCCCACTGAGGTTAATGTTGCTGCTGAACCGGCGTTACTGGAGCAGGCGCTGGGGAATTTACTGGATAACGCCATCGATTTTACCCCCGAGAGCGGTCGCATAACGCTAA‑GCGCCGAAGTGGATCAGGAACACGT‑CGCCCTTAAGGTGCTGGATACCGGTAGTGGTATTCCTGACTACGCGCTGTCACGTATTTTTGAACGCTTTTACTCTTTGc < 2:649582/299‑1 (MQ=255) ttgTTGATGTGGCGGCATTATTTCGCCGCGTCAGCGAAGCGCGCACCGTGCAGTTGGCAGAAAAAAACATCACTCTACATGTTATGCCCACTGAGGTTAATGTTGCTGCTGAACCGGCGTTACTGGAGCAGGCGCTGGGGAATTTACTGGATAACGCCATCGATTTTACCCCCGAGAGCGGTCGCATAACGCTAA‑GCGCCGAAGTGGATCAGGAACACGT‑CGCCCTTAAGGTGCTGGATACCGGTAGTGGTATTCCTGACTACGCGCTGTCACGTATTTTTGAACGCTTTTACTCTTTGc > 1:465914/2‑300 (MQ=255) gcATTATTTCGCCGCGTCAGCGAAGCGCGCACCGTGCAGTTGGCAGAAAAAAACATCACTCTACATGTTATGCCCACTGAGGTTAATGTTGCTGCTGAACCGGCGTTACTGGAGCAGGCGCTGGGGAATTTACTGGATAACGCCATCGATTTTACCCCCGAGAGCGGTCGCATAACGCTAA‑GCGCCGAAGTGGATCAGGAACACGT‑CGCCCTTAAGGTGCTNGATACCGGTAGTGGTATTCCTGACTACGCGCTGTCACGTATTTTTGAACGCTTTTACTCTTTGCCGCGTGCAAAt > 1:154355/1‑297 (MQ=255) gAAGCGCGCACCGTGCAGTTGGCAGAAAAAAACATCACTCTACATGTTATGCCCACTTAGGTTAATGTTGCTGCTGAACCGGCGTTACTGGAGCAGGCGCTGGGGAATTTACTGGATAACGCCATCGATTTTACCCCCGAGAGCGGTCGCATAACGCTAA‑GCGCCGAAGTGGATCAGGAACACGT‑CGCCCTTAAGGTCCTGGATACCGGTAGTGGTATTCCTGACTACGCGCTGTCACGTATTTTTGAACGCTTTTACTCTTTGCCGCGTGCAAATGGGCAAAAAAGCAGCGGTCTgggg < 2:610061/300‑1 (MQ=255) gAAGCGCGCACCGTGCAGTTGGCAGAAAAAAACATCACTCTACATGTTATGCCCACTGAGGTTAATGTTGCTGCTGAACCGGCGTTACTGGAGCAGGCGCTGGGGAATTTACTGGATAACGCCATCGATTTTACCCCCGAGAGCGGTCGCATAACGCTAA‑GCGCCGAAGTGGATCAGGAACACGT‑CGCCCTTAAGGTCCTGGATACCGGTAGTGGTATTCCTGACTACGCGCTGTCACGTATTTTTGAACGCTTTTACTCTTTGCCGCGTGCAAATGGGCAAAAAAGCAGCGGTCTgggg < 2:610118/300‑1 (MQ=255) 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gTTGGCAGAAAAAAACATCACTCTACATGTTATGCCCACTGAGGTTAATGTTGCTGCTGAACCGGCGTTACTGGAGCAGGCGCTGGGGAATTTACTGGATAACGCCATCGATTTTACCCCCGAGAGCGGTCGCATAACGCTAA‑GCGCCGAAGTGGATCAGGAACACGT‑CGCCCTTAAGGTGCTGGATACCGGTAGTGGTATTCCTGACTACGCGCTGTCACGTATTTTTGAACGCTTTTACTCTTTGCCGCGTGCAAATGGGCAAAAAAGCAGCGGTCTGGGGTTGGCGTTCGTCAGTGa < 1:164830/300‑1 (MQ=255) tGGCAGAAAAAAACATCACTCTACATGTTATGCCCACTGAGGTTAATGTTGCTGCTGAACCGGCGTTACTGGAGCAGGCGCTGGGGAATTTACTGGATAACGCCATCGATTTTACCCCCGAGAGCGGTCGCATAACGCTAA‑GCGCCGAAGTGGATCAGGAACACGT‑CGCCCTTAAGGTGCTGGATACCGGTAGTGGTATTCCTGACTACGCGCTGTCACGTATTTTTGAACGCTTTTACTCTTTGCCGCGTGCAAATGGGCAAAAAAGCAGCGGTCTGGGGTTGGCGTTCGTCAGTGAgg < 1:178449/300‑1 (MQ=255) ggCAGAAAAAAACATCACTCTACATGTTATGCCCACTGAGGTTAATGTTGCTGCTGAACCGGCGTTACTGGAGCAGGCGCTGGGGAATTTACTGGATAACGCCATCGATTTTACCCCCGAGAGCGGTCGCATAACGCTAA‑GCGCCGAAGTGGATCAGGAACACGT‑CGCCCTTAAGGTGCTGGATACCGGTAGTGGTATTCCTGACTACGCGCTGTCACGTATTTTTGAACGCTTTTACTCTTTGCCGCGTGCAAATGGGCAAAAAAGCAGCGGTCTGGGGTTGGCGTTCGTCAGTGAGGt < 1:211153/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |