| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,625,179 | G→A | Q95Q (CAG→CAA) | serB → | phosphoserine phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,625,179 | 0 | G | A | 98.9% | 280.9 / NA | 90 | Q95Q (CAG→CAA) | serB | phosphoserine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (61/28); minor base C (1/0); total (62/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGATATGGACTCCACCGCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGTGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCTGCCGCTGATGCCAGGCTTAACGCAACTGGT > NC_000913/4624888‑4625463 | ggccctAATGCCTACCCTTCCCTGGTTCTACCTGCCTGAAGACTTCTCTCTATTGCCGGGTCTACTCCTTTCATTAAGTGTGGATGAATTGGTGCCACTGTACTACCACACAGGTCGTAGCTACTTGCTACCGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCGGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGTCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGTAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGt < 2:172318/295‑1 (MQ=255)agcctcagtGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAATATTTCTCTTTATTGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGTTCGTAGCGGCTGGCTTCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTTACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGTCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGt < 2:172293/292‑1 (MQ=255)aGCCGTAATGCCCAACATGACCTAGTACGACCCGCCTGAAGATGTCTCTGCATGGCCGGGTCTGCCCCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAAGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGGCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCTGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGt < 2:172360/300‑1 (MQ=255) ccTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTc > 1:39320/1‑299 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |