| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,569,307 | T→C | intergenic (‑580/+855) | ytiE ← / ← yjiR | protein YtiE/fused putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase YjiR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,569,307 | 0 | T | C | 98.8% | 288.7 / NA | 86 | intergenic (‑580/+855) | ytiE/yjiR | protein YtiE/fused putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase YjiR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (37/48); total (38/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCAGCACGCCGCATGATGCATTATTTAAAACCTTTCTCACGCACCCTGACACTGCGCGGGATTTTATGGAGATTCACTTACCTAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGTATTACTGGTTACA > NC_000913/4569013‑4569603 | aCCAGCACGCCGCATGATGCATTATTTAAAACCTTTCTCAAGCACCCTGACACTGCGCGGGATTTTATGGAGATTCACTTACCGAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGCAgcgc < 2:596379/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |