| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,518,681 | A→C | K52T (AAG→ACG) | insA7 → | IS1 family repressor protein InsA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,518,681 | 0 | A | C | 98.7% | 243.4 / NA | 74 | K52T (AAG→ACG) | insA7 | IS1 family repressor protein InsA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (40/33); minor base T (1/0); total (41/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGTCAGCGCTGGCTGTTTTACGCGTATGACAGGATACGGAGGACGGTTGTGGCGCACGTCTTCGGTGAACGCACTCTGGCCACACT > NC_000913/4518386‑4518968 | ctGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCTGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACANCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCAc > 1:514301/1‑300 (MQ=255)ctGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACANCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCAc > 1:150790/1‑300 (MQ=255) gCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCTGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCa > 1:353612/1‑300 (MQ=255) tCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTCTGCACCAGaa > 2:649705/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |