| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,318,215 | G→A | L184L (CTG→TTG) | phnK ← | carbon‑phosphorus lyase subunit PhnK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,318,215 | 0 | G | A | 98.3% | 186.2 / ‑5.4 | 59 | L184L (CTG→TTG) | phnK | carbon‑phosphorus lyase subunit PhnK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (34/24); total (35/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
ACGCTGACGCGTCTTATCCGACCTACGGGGAGCGCATTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGCTGATGCACCACGCCC > NC_000913/4317927‑4318510 | aCGCTGACGCGTCTTATCCGACCTACGGGGAGCGCATTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCa > 1:423771/1‑300 (MQ=255) tGACGCGTCTTATCCGACCTACGGGGAGCGCATTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCAc < 2:71860/297‑1 (MQ=255) aCGCTTCTTATCCGACCTACGGGGAGCGCATTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGaca < 1:116237/300‑1 (MQ=255) cgTCTTATCCGACCTACGGGGAGCGCATTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGCGCACGCGGTCGGTTCACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCATGCACCGACACAt > 2:118361/1‑300 (MQ=255) gTCTTATCCGACCTACGGGGAGCGCATTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGNGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATc > 1:133218/1‑300 (MQ=255) gACCTACGGGGAGCGCATTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCccgcc > 1:431220/1‑300 (MQ=255) ccTACGGGGAGCGCATTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCGATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCAACAGCAAACGGTCCGCCGGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCATGCACCGACACATCCAGCccgc > 2:274563/1‑297 (MQ=255) 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gATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATaaa < 1:196177/290‑1 (MQ=255) gATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGAGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGACTGTACCGACACATCCAGCCCGCCGGTAGGTTCATCCATaaa > 2:196177/1‑290 (MQ=255) aaGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGa < 1:354480/300‑1 (MQ=255) 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aCAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGCCt > 1:376893/1‑300 (MQ=255) ccaccGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGCCTGCCGaca > 1:355075/1‑300 (MQ=255) aGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTggc > 2:246614/1‑298 (MQ=255) ggTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGACGCTCGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTggcggc < 1:97777/300‑1 (MQ=255) ccaccaGGCAGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCAGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGACTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTc > 2:13678/1‑298 (MQ=255) gcgcAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGc < 1:246614/298‑1 (MQ=255) gcgcAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGCt < 2:423771/299‑1 (MQ=255) gcgcAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACACCCAGCCCGCCGGTCGGTGCATCCAGAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGc < 2:30179/298‑1 (MQ=255) agGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGCTGATGcac < 1:30935/299‑1 (MQ=255) agGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCAGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGCTGATGcac < 1:446288/299‑1 (MQ=255) ggTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGTTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACTAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGTGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGCTGATGcacca < 2:668564/300‑1 (MQ=255) aGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGTTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGCTGATGCACCACGccc < 1:123101/300‑1 (MQ=255) aGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGCTGATGCACCACGccc < 1:123132/300‑1 (MQ=255) | ACGCTGACGCGTCTTATCCGACCTACGGGGAGCGCATTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGCTGATGCACCACGCCC > NC_000913/4317927‑4318510 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |