| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,283,043 | G→A | F11F (TTC→TTT) | yjcF ← | pentapeptide repeat‑containing protein YjcF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,283,043 | 0 | G | A | 99.3% | 472.5 / ‑3.1 | 137 | coding (33/1293 nt) | yjcF | pentapeptide repeat‑containing protein YjcF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (66/70); minor base . (1/0); total (67/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TCGTAATTCTATCGTCACATTTATTATTTGCATGTGAAGCTATATCTATAAAATATTTATGTATTTTCCTGTCCGTTTCTTTCGTGATTTTTCCTGATGGTAAACTATCATAAATTCTTTTCATTTTCTGAATCAAGCCTATCACTTTTTCATGATCATCCATTTTGAAAAGAGAGAGGGCTTTATTGTCAATTAACGTGTTTTTATGATGTTTGCTGTAATTATCTGATTTTGTTTTCTTTGTATGTGATGGACTTGTGACAGAGTGGTTATCGTTAATCAGGCAAAGAGGGAAAAACATATTATTTAAACCATTATAGCGCATAAAATATCCTTATAATTAACAAGAAAGAAAAGGCATATTCTCTGCATTATCATTTTCTACGACTGTCAAAAATCGCTCATTTTTTAATGAGTTTATTTGTTTAATATTATGGGAAAAGGTGATGCATTTGGGAGAGGAAGAGTATTCCCCGGTCAGACGACCGGGGAAGGGGAGAGATTAATGCGCGCGGCCTTGCTCAACGCCAAAGCCGGTCTGGGAGCGGATAAACTGCGCGCGGAACAGTTCACGCTCACGCGC > NC_000913/4282751‑4283333 | tcGTAATTCTATCGTCACATTTATTATTTGCATGTGAAGCTATATCTATAAAATATTTATGTATTTTCCTGTCCGTTTCTTTCGTGATTTTTCCTGATGGTAAACTATCATAAATTCTTTTCATTTTCTGAATCAAGCCTATCACTTTTTCATGATCATCCATTTTGAAAAGAGAGAGGGCTTTATTGTCAATTAACGTGTTTTTATGATGTTTGCTGTAATTATCTGATTTTGTTTTCTTTGTATGTGATGGACTTGTGACAGAGTGGTTATCGTTAATCAGGCAAAGAGGAAAAAACa > 1:536887/1‑300 (MQ=255) 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TCGTAATTCTATCGTCACATTTATTATTTGCATGTGAAGCTATATCTATAAAATATTTATGTATTTTCCTGTCCGTTTCTTTCGTGATTTTTCCTGATGGTAAACTATCATAAATTCTTTTCATTTTCTGAATCAAGCCTATCACTTTTTCATGATCATCCATTTTGAAAAGAGAGAGGGCTTTATTGTCAATTAACGTGTTTTTATGATGTTTGCTGTAATTATCTGATTTTGTTTTCTTTGTATGTGATGGACTTGTGACAGAGTGGTTATCGTTAATCAGGCAAAGAGGGAAAAACATATTATTTAAACCATTATAGCGCATAAAATATCCTTATAATTAACAAGAAAGAAAAGGCATATTCTCTGCATTATCATTTTCTACGACTGTCAAAAATCGCTCATTTTTTAATGAGTTTATTTGTTTAATATTATGGGAAAAGGTGATGCATTTGGGAGAGGAAGAGTATTCCCCGGTCAGACGACCGGGGAAGGGGAGAGATTAATGCGCGCGGCCTTGCTCAACGCCAAAGCCGGTCTGGGAGCGGATAAACTGCGCGCGGAACAGTTCACGCTCACGCGC > NC_000913/4282751‑4283333 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |