| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,281,093 | G→A | A372T (GCG→ACG) | yjcE → | putative transporter YjcE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,281,093 | 0 | G | A | 98.9% | 288.8 / NA | 89 | A372T (GCG→ACG) | yjcE | putative transporter YjcE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (30/57); minor base C (1/0); total (31/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCACCTGGGCGATGCTGGAATTTGTCTTTAACGGCATGGTGTTCCTGCTGTTAGGTCTGCAGCTGCCGGGTATTCTGGAGACGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACGTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATGCTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAAGTCGCGGATCATTCGCAACAATTGAAAGAGGAACGTATTGCGCGAGCGGCAACGGCAGAAGTGGCGATTGTGGCGATCCAGAAAATGGAGGAGCGTCTGGCGGCGGATACCGAAGAGAATATCGATAACCAGCT > NC_000913/4280797‑4281385 | gCACCTGGGCGATGCTGGAATTTGTCTTTGACGGCATGGTGTTCCTGCTGTTAGGTCTGCAGCTGCCGGGTATTCTGGAGACGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACGTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATGCTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACCCGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGACGa > 2:287735/1‑300 (MQ=255)gCACCTGGGCGATGCTGGAATTTGTCTTTAACGGCATGGTGTTCCTGCTGTTAGGTCTGCAGCTGCCGGGTATTCTGGAGACGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACGTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATGCTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGACGa < 1:253072/300‑1 (MQ=255) tGGGCGATGCTGGAATTTGTCTTTAACGGCATGGTGTTCCTGCTGTTAGGTCTGCAGCTGCCGGGTATTCTTTAGACGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACTTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATGCTGGTCCGTTTCTGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTTAAGAAGAAGCCGATGTAGTTTGGTTCGTGTACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGACGATCAc < 2:29930/299‑1 (MQ=255) gggCGATGCTGGAATTTGTCTTTAACTGCATGGTGTTCCTGCTGTTAGGTCTGCAGCTGCCGGGTATTCTGGAGACGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACGTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATGCTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGACGATCActc < 1:41578/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |