| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,806,897 | C→A | R296R (CGC→CGA) | proW → | glycine betaine ABC transporter membrane subunit ProW |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,806,897 | 0 | C | A | 98.1% | 170.4 / ‑5.7 | 52 | R296R (CGC→CGA) | proW | glycine betaine ABC transporter membrane subunit ProW |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (23/28); minor base G (0/1); total (23/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCATGCTATTTGGTATCGGTAACGTGCCGGGCGTGGTGGTGACGATCATCTTTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCATTCTGGGGATTAACCAGGTTCCGGCGGATCTGATTGAAGCCTCGCGCTCATTCGGTGCCAGCCCGCGCCAGATGCTGTTCAAAGTTCAGTTACCGCTGGCGATGCCGACCATTATGGCGGGCGTTAACCAGACGCTGATGCTGGCCCTTTCTATGGTGGTCATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTTCGCGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAACTCTGCACTTGCCCGGTGACGCCGGGCATTATCACCCTGCCAAAAAAAGGAATAACAATGCGACATAGCGTACTTTTTGCGACAGCGTTTGCCACGCTTATCTCTACACAAACT > NC_000913/2806608‑2807188 | tCATGCTATTTGGTATCGGTAACGTGCCGGGCGTGGTGGTGACGATCATCTTTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCATTCTGGGGATTAACCAGGTTCCGGCGGATCTGATTGAAGCCTCGCGCTCATTCGGTGCCAGCCCGCGCCAGATGCTGTTCAAAGTTCAGTTACCGCTGGCGATGCCGACCATTATGGCGGGCGTTAACCAGACGCTGATGCTGGCCCTTTCTATGGTGGTCATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTTCGAGGTATCGgt < 1:75324/299‑1 (MQ=255) gCTATTTGGTATCGGTAACGTGCCGGGCGTGGTGGTGACGATCATCTTTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGAACATTCTGGGGATTAACCAGGTTCCGGCGGATCTGATTGAAGCCTCGCGCTCATTCGGTGCCAGCCCGCGCCAGATGCTGTTCAAAGTTCAGTTACCGCTGGCGATGCCGACCATTATGGCGGGCGTTAACCAGACGCTGATGCTGGCCCTTTCTATGGTGGTCATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTTCGAGGTATCGGTCGTCt > 2:646979/1‑300 (MQ=255) ttcagTATCGGTAACGTGCCGGGCTTGGTGGTGACGATCATCTTTGCTCTTCCGCCGATTATCCGTCTTACCAGTCTGGGGATTAACCAGGTTCCGGCGGATCTGATTGAAGCCTCGCGCTCATTCGGTGCCAGCCCGCGCCAGATGCTGTTCAAAGTTCAGTTACCGCTTGCGATGCCGACCATTATGGCGGGCGTTAACCAGACGCTGATGCTGGCCCTTTCTATGGTGGTCATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTTCGAGGCATCGGTCGTCTgg < 2:318233/294‑1 (MQ=255) tATCGGTAACGTGCCGGGCGTGGTGGTGACGATCATCTTTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCATTCTGGGGATTAACCAGGTTCCGGCGGATCTGATTGAAGCCTCGCGCTCATTCGGTGCCAGCCCGCGCCAGATGCTGTTCAAAGTTCAGTTACCGCTGGCGATGCCGACCATTATGGCGGGCGTTAACCAGACGCTGATGCTGGCCCTTTCTATGGTGGTCATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTTCTAGGTATCGGTCGTCTGGATATggg < 1:353693/300‑1 (MQ=255) tATCGGTAACGTGCCGGGCGTGGTGGTGACGATCATCTTTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCATTCTGGGGATTAACCAGGTTCCGGCGGATCTGATTGAAGCCTCGCGCTCATTCGGTGCCAGCCCGCGCCAGATGCTGTTCAAAGTTCAGTTACCGCTGGCGATGCCGACCATTATGGCGGGCGTTAACCAGACGCTGATGCTGGCCCTTTCTATGGTGGTCATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTTCGAGGTATCGGTCGTCTGGATATggg < 1:354594/300‑1 (MQ=255) tCGGTAACGTGCCGGGCGTGGTGGTGACGATCATCTTTGCTATGCCGCCGATTATCCGTCTGACCATTCTGGGGATTANCCAGGTTCCGGCGGATCTGATTGAAGCCTCGCGCTCATTCGGTGCCAGCCCGCGCCAGATGCTGTTCAAAGTTCAGTTACCGCTGGCGATGCCGACCATTATGGCGGGCGTTAACCAGACGCTGATGCTGGCCCTTTCTATGGTGGTCATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTTCGAGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGc < 1:147277/300‑1 (MQ=255) cGGTAACGTGCCGGGCGTGGTGGTGACGATCATCTTTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCATTCTGGGGATTAACCAGGTTCCGGCGGATCTGATTGAAGCCTCGCGCTCATTCGGTGCCAGCCCGCGCCAGATGCTGTTCAAAGTTCAGTTACCGCTGGCGATGCCGACCATTATGGCGGGCGTTAACCAGACGCTGATGCTGGCCCTTTCTATGGNGGTCATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTTCGAGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCt > 1:137608/1‑300 (MQ=255) 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ggTCAGATGGTACTTCNAGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAACTCTGCACTTGCCCGGTGACGCCGGGCATTATCACCCTGCCAAAAAAAGGAATAACAATGCGACATAGNGTACTTTTTGCGACAGCGNTTGCCACGCTTATctct > 1:589304/1‑300 (MQ=255) aGATGGTACTTCGAGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAACTCTGCACTTGCCCGGTGACGCCGGGCATTATCACCCTGCCAAAAAAAGGAATAACAATGCGACATAGCGTACTTTTTGCGACAGCGTTTGCCACGCTTATCTCTacac < 1:570638/300‑1 (MQ=255) aGATGGTACTTCGAGGGATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAACTCTGCACTTGCCCGGTGACGCCGGGCATTATCACCCTGCCAAAAAAAGGAATAACAATGCGACATAGCGTACTTTTTGCGACAGCGTTTGCCACGCTTATCTCTacac < 1:694349/300‑1 (MQ=255) aTGGTACTTCGAGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAACTCTGCACTTGCCCGGTGACGCCGGGCATTATCACCCTGCCAAAAAAAGGAATAACAATGCGACATAGCGTACTTTTTGCGACAGCGTTTGCCACGCTTATCTCTACACaa > 1:350443/1‑300 (MQ=255) ggTACTTCGGGGTATTGGTCGTTGGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTG‑CCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAACTCTGCACTTGCCCGGTGACGCCGGGCATTATCACCCTGCCAAAAAAAGGAATAACAATTCGACATAGCGTACTTTTTGCGACAGCGTTTGCCACGCTTATCTCTACACAAACt < 2:293952/300‑1 (MQ=255) gTACTTCGAGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAACTCTGCACTTGCCCGGTGACGCCGGGCATTATCACCCTGCCAAAAAAAGGAATAACAATGCGACATAGCGTACTTTTTGCGACAGCGTTTGCCACGCTTATCTATACACAAACt > 1:375992/1‑300 (MQ=255) | TCATGCTATTTGGTATCGGTAACGTGCCGGGCGTGGTGGTGACGATCATCTTTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCATTCTGGGGATTAACCAGGTTCCGGCGGATCTGATTGAAGCCTCGCGCTCATTCGGTGCCAGCCCGCGCCAGATGCTGTTCAAAGTTCAGTTACCGCTGGCGATGCCGACCATTATGGCGGGCGTTAACCAGACGCTGATGCTGGCCCTTTCTATGGTGGTCATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTTCGCGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAACTCTGCACTTGCCCGGTGACGCCGGGCATTATCACCCTGCCAAAAAAAGGAATAACAATGCGACATAGCGTACTTTTTGCGACAGCGTTTGCCACGCTTATCTCTACACAAACT > NC_000913/2806608‑2807188 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |