| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,234,947 | A→G | K4E (AAG→GAG) | fadR → | DNA‑binding transcriptional dual regulator FadR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,234,947 | 0 | A | G | 92.6% | 269.8 / NA | 95 | K4E (AAG→GAG) | fadR | DNA‑binding transcriptional dual regulator FadR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (45/43); minor base T (0/7); total (45/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTTGTACCAGTCGGGGGACTGGCCCAAAAAATTGCGCCATAGCGCGCGGCCCCAGGAGATCTCCATGATGGTTTCCCTTACCTTACAAATAATCAATGATGTTTTTATGTTTAAACGCAAAGCTTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGACTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTATT > NC_000913/1234651‑1235231 | ggttGTACCAGTCGGGGGACTGGCCCAAAAAATTGCGCCATAGCGCGCGGCCCCAGGAGATCTCCATGATGGTTTCCCTTACCTTACAAATAATCAATGATGTTTTTATGTTTAAACGCAAAGCGTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAANGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTGAgg < 2:495835/298‑1 (MQ=255) gTCGGGGGACTGGCCCAAAAAATTGCGCCATAGCGCGCGGCCCCAGGAGATCTCCATGATGGTTTCCCTTACCTTACAAATAATCAATGATGTTTTTATGTTTAAACGCAAAGCTTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTTAGGCGCAAAGcc < 2:366664/299‑1 (MQ=255) gTCGGGGGACTGGCCCAAAAAATTGCGCCATAGCGCGCGGCCCCAGGAGATCTCCATGATGGTTTCCCTTACCTTACAAATAATCAATGATGTTTTTATGTTTAAACGCAAAGCTTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTGAGGCGCAAAGccc > 1:347344/1‑300 (MQ=255) gggACTGGCCCAAAAAATTGCGCCATAGCGCGCGGCCCCAGGAGATCTCCATGATGGTTTCCCTTACCTTACAAATAATCAATGATGTTTTTATGTTTAAACGCAAAGCTTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTGAGGCGCAAAGCCcggcgg < 1:108220/300‑1 (MQ=255) 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tcACTATGGTCATTGAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTACCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGCTGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGCCTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTAtt > 2:371355/1‑299 (MQ=255) | GTTTGTACCAGTCGGGGGACTGGCCCAAAAAATTGCGCCATAGCGCGCGGCCCCAGGAGATCTCCATGATGGTTTCCCTTACCTTACAAATAATCAATGATGTTTTTATGTTTAAACGCAAAGCTTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGACTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTATT > NC_000913/1234651‑1235231 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |