| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,127,338 | G→A | G178D (GGC→GAC) | yceM → | putative oxidoreductase YceM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,127,338 | 0 | G | A | 97.9% | 154.7 / NA | 48 | G178D (GGC→GAC) | yceM | putative oxidoreductase YceM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (22/25); minor base C (1/0); total (23/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGTTACTCAATGCGGGGGTACATGTCTGTGTCGATAAACCGCTGGCAGAAAATCTGCGCGATGCTGAACGGCTGGTGGAACTGGCGGCGCGGAAAAAACTGACGTTGATGGTCGGTTTTAACCGTCGTTTCGCACCACTCTACGGTGAGTTAAAAACGCAACTCGCCACCGCAGCCTCGCTAAGAATGGATAAACATCGTAGCAATAGCGTCGGGCCACACGATCTTTATTTCACGTTGCTGGATGATTATCTGCATGTGGTGGATACCGCGCTGTGGTTGTCGGGCGGCAAAGCCTCTCTGGATGGCGGTACGCTACTGACTAACGACGCTGGCGAAATGCTGTTTGCCGAGCACCATTTTTCGGCTGGTCCTTTGCAGATCACCACCTGTATGCATCGCCGTGCCGGAAGTCAGCGTGAAACCGTGCAGGCCGTGACTGACGGTGCGCTCATCGACATTACGGATATGCGCGAATGGCGTGAGGAGCGCGGGCAGGGCGTAGTGCATAAACCGATTCCTGGTTGGCAGAGTACGCTTGAGCAACGTGGGTTTGTCG > NC_000913/1127049‑1127607 | aCGTTACTCAATTCGGGGGTACATGTCTGTGTCGATGAACCGCTGGCAGAAAATCTGCGCGATGCTGAACGGCTGGTGGAACTGGCGGCGCGGAAAAAACTGACGTTGATGGTCGGTTTTAACCGTCGTTTCGCACCACTCTAAGGTGAGTTAAAAACGCAACTCGCCACCGCAGCCTCGCTAAGAATGGATAAACATCGTAGCAATAGCGTCGGGCAACACGATCTTTCTTTCCCGTTGCTGTCTGCTTATCTGCATGTGGTGGATACAGCGCTGTGGTTGTCGAGCGCCAAAGCctct > 2:373819/1‑300 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ggtggATACCGCGCTGTGGTTGTCGAGCGACAAAGCCTCTCTGGATGGCGGTACGCTACTGACTAACGACGCTGGCGAAATGCTGTTTGCCGAGCACCATTTTTCGGCTGGTCCTTTGCAGATCACCACCTGTATGCATCGCCGTGCCGGAAGTCAGCGTGAAACCGTGCAGGCCGTGACTGACGGTGCGCTCATCGACATTACGGATATGCGCGAATGGCGTGAGGAGCGCGGGCAGGGCGTAGTGCATAAACCGATTCCTGGTTGGCAGAGTACGCTTGAGCAACGTGGGTTTGTc > 2:400667/1‑298 (MQ=255) ggtggATACCGCGCTGTGGTTGTCGAGCGACAAAGCCTCTATGGATGGCGGTACGCTACTGACTAACGACGCTGGCGAAATGCTGTTTGCCGAGCACCATTTTTCGGCTGGTCCTTTGCAGATCACCACCTGTATGCATCGCCGTGCCGGAAGTCAGCGTGAAACCGTGCAGGCCGTGACTGACGGTGCGCTCATCGACATTACGGATATGCGCGAATGGCGTGAGGAGCGCGGGCAGGGCGTAGTGCATAAACCGATTCCTGGTTGGCAGAGTCCGCTTGAGCAACGTGGGTTTGTc > 1:183545/1‑298 (MQ=255) | ACGTTACTCAATGCGGGGGTACATGTCTGTGTCGATAAACCGCTGGCAGAAAATCTGCGCGATGCTGAACGGCTGGTGGAACTGGCGGCGCGGAAAAAACTGACGTTGATGGTCGGTTTTAACCGTCGTTTCGCACCACTCTACGGTGAGTTAAAAACGCAACTCGCCACCGCAGCCTCGCTAAGAATGGATAAACATCGTAGCAATAGCGTCGGGCCACACGATCTTTATTTCACGTTGCTGGATGATTATCTGCATGTGGTGGATACCGCGCTGTGGTTGTCGGGCGGCAAAGCCTCTCTGGATGGCGGTACGCTACTGACTAACGACGCTGGCGAAATGCTGTTTGCCGAGCACCATTTTTCGGCTGGTCCTTTGCAGATCACCACCTGTATGCATCGCCGTGCCGGAAGTCAGCGTGAAACCGTGCAGGCCGTGACTGACGGTGCGCTCATCGACATTACGGATATGCGCGAATGGCGTGAGGAGCGCGGGCAGGGCGTAGTGCATAAACCGATTCCTGGTTGGCAGAGTACGCTTGAGCAACGTGGGTTTGTCG > NC_000913/1127049‑1127607 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |