| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 421,027 | C→T | R14R (CGC→CGT) | proY → | putative transporter ProY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 421,027 | 0 | C | T | 98.7% | 250.0 / NA | 78 | R14R (CGC→CGT) | proY | putative transporter ProY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (32/45); total (33/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTATTCTCGACGGGATCAAAGCATCTGCATTCAGCGATATCTTACCGTCCTGGGCGCAGCGTTTACCGCTGGCCGAACAAGGTCTGGCGTGGTTAATGCCAACAGTGGTGATGGTGGTTCTGGCCATTATCTGGGATCGCGCGGCAGGTCGTCAGGTGACCTCCAGCGCTCACTAAATCACTGAACATTTGTTTTAACCACGGGGCTGCGATGCCCCGTGGTTTTTTATTGTGTTGATGGGTTAGGAATTGATGGAAAGTAAGAACAAGCTAAAGCGTGGGCTAAGTACCCGCCACATACGCTTTATGGCACTGGGTTCA‑GCAATTGGCACCGGGCTGTTTTACGGTTCGGCAGACGCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAACCCGGCCGCCAGCTCTTTCTCGCGTTATGCGCAGGAAAACCTCGGCCCGCTGGCAGGTTACATTACCGGCTG‑GACCTACTGCTTTGAAATCCTTATTGTCGCCATCGCCGA > NC_000913/420735‑421302 | gTATTCTCGACGGGATCAAAGCATCTGCATTCAGCGATATCTTACCGTCCTGGGCGCAGCGTTTACCGCTGGCCGAACAAGGTCTGGCGTGGTTAATGCCAACAGTGGTGATGGTGGTTCTGGCCATTATCTGGGATCGCGCGGCAGGTCGTCAGGTGACCTCCAGCGCTCACTAAATCACTGAACATTTGTTTTAACCACGGGGCTGCGATGCCCCGTGGTTTTTTATTGTGTTGATGGGTTAGGAATTGATGGAAAGTAAGAACAAGCTAAAGCGTGGGCTAAGTACCCGTCACATAc < 1:639045/300‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |