| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 90,435 | T→C | R114R (CGT→CGC) | rsmH → | 16S rRNA m(4)C1402 methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 90,435 | 0 | T | C | 97.1% | 239.7 / NA | 68 | R114R (CGT→CGC) | rsmH | 16S rRNA m(4)C1402 methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base C (29/37); total (31/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGACGGCATTCTCCTCGATCTTGGCGTCTCTTCACCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATGCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAACCCGTGGGCAGTCAGCCGCTGAATGGCTACAAACCGCAGAAGAAGCCGATATCGCCTGGGTATTGAAAACCTATGGTGAAGAGCGTTTTGCCAAACGCATTGCCCGCGCCATTGTCGAGCGTAACCGCGAACAGCCGATGACCCGCACCAAAGAACTGGCGGAAGTCGTGGCTGCTGCAACGCCGGTGAAAGATAAGTTTAAACATCCCGCGACCCGTACCTTCCAGGCGGTGCGCATTT > NC_000913/90146‑90724 | gCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCTCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGTGAAGAGGGGCGTTTGCCGGCGATCGATCACGCCCCGCCGGCTATCGCCGTTGCGGAGACTATTGATGATCCGCGCTTATCCATCATCCACAGACATTTATCCGCGCTGGGCGAATAGGTTGCCGAGTGTGATCTTCTCGGCAAGATCTAAGGAAGTTTGCTAGATCTTGGAGTATCTTAACCGCAACGTGGTGATGCTGAGCGTGGCCTTTCCt > 2:90730/1‑300 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |