| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 2,073,613 | 0 | G | T | 29.3% | 90.5 / 13.4 | 58 | R692L (CGG→CTG) | flu | self recognizing antigen 43 (Ag43) autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/17); new base T (0/17); total (24/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGAATGGCACCATCAGCCTGCGTGTACGCCCGGATATGGCACAGAACAATGCTGACAGACTGGTCATTGACGGCGGCAGGGCAACCGGAAAAACCATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCGCAGCCATCAGACCGGTGTAAATGGTGAAAACAACAGCGTCCGTCTCAGCATTCAGGGCGGTCATCTCGGTCACGATAACAATGGCGGTATTGCCCGTGGGGCCACGCCGGAAAGCAGCGGCAGCTATGGATTCGTCCGTCTGGAGGGTGACCTGATGAGAACAGAGGTTGCCGGTATGTCTG > NC_000913/2073330‑2073912 | aCCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGAATGGCACCATCAGCCTGCGTGTACGCCCGGATATGGCACAGAACAATGCTGACAGACTGGTCATTGACGGCGGCAGGGCAACCGGAAAAACCATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGc < 1:333688/300‑1 (MQ=255) 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gggACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCGCAGCCATCAGACCGGTGTAAATGGTGAAAACAACAGCGTCCGTCTCAGCATTCAGGGCGGTCATCTCGGTCACGATAACAATGGCGGTATTGCCCGTGGGGCCACGCCGGAAAGCAGCGGCAGCTATGGATTCGTCCGTCTGGAGGGTGACCTGATGAGAACAGAGGTTGCCGGTATGTCtg < 1:379946/300‑1 (MQ=255) | ACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGAATGGCACCATCAGCCTGCGTGTACGCCCGGATATGGCACAGAACAATGCTGACAGACTGGTCATTGACGGCGGCAGGGCAACCGGAAAAACCATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCGCAGCCATCAGACCGGTGTAAATGGTGAAAACAACAGCGTCCGTCTCAGCATTCAGGGCGGTCATCTCGGTCACGATAACAATGGCGGTATTGCCCGTGGGGCCACGCCGGAAAGCAGCGGCAGCTATGGATTCGTCCGTCTGGAGGGTGACCTGATGAGAACAGAGGTTGCCGGTATGTCTG > NC_000913/2073330‑2073912 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |