| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,272,420 | 0 | C | A | 27.8% | 168.5 / 15.2 | 90 | intergenic (+71/‑87) | chaB/chaC | putative cation transport regulator ChaB/glutathione‑specific gamma‑glutamylcyclotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/36); new base A (25/0); total (54/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTATAAAACGAAAAGCGATCTGCCGGAAAGCGTAAAGCACGTTCTACCGTCTCATGCCCAGGATATCTATAAAGAAGCGTTCAACAGCGCATGGGATCAATATAAAGATAAAGAAGATCGGCGTGATGACGCCAGTCGCGAAGAAACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTGGAATCCGGCACTGGAGTTTACCGAATCGTGCACCGGTAC > NC_000913/1272124‑1272715 | gTATAAAACGAAAAGCGATCTGCCGGAAAGCGTAAAGCACGTTCTACCGTCTCATGCCCAGGATATCTATAAAGAAGCGTTCAACAGCGCATGGGATCAATATAAAGATAAAGAAGATCGGCGTGATGACGCCAGTCGCGAAGAAACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCAGtt > 1:198169/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |