| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3469013 | 113 (1.450) | 5 (0.070) | 5/574 | 6.6 | 4.6% | coding (841/2694 nt) | chiA | endochitinase |
| ? | NC_000913 | 3469317 = | 98 (1.290) | coding (537/2694 nt) | chiA | endochitinase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAA‑TGAGTAATCGTTAACGCTATCC‑GCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTG‑ATTTCTGTTGCCGTTGCCGCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTCGCATCGCCTGGGCAATTTGCCGCGCCTACCCACCAGGCGTTCTTATAAATGCCGCCGTTATAGATAACGTACCATGTAGAAGAACCTTCCTGACCTTTCCAGGCTACTACAGCATAGTTGTCGTTTGACTTATCAGCTGGGGCTGGCTGAACATCAGGAGCCGGTTTAACGTCCGGTGCCGGTTTCACATCCGGTGAAGGCTGTGGTGCTGAAGTACAGGACTGTGGATTACTGGTTTCTGAGATTTCC > NC_000913/3468715‑3469308 | ttATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCATCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAA‑TGAGTAATCGTTAACGCTATCC‑GCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTG‑ATTTCTgttgccgtt > 1:386886/1‑300 (MQ=255) cTGGTACCCCGTGGGTAATCTTTAGACCCAACCCATCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAA‑TGAGTAATCGTTAACGCTATCC‑GCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTG‑ATTTCTGTTGCCGTTGCCGCGCGAACATAACGc > 1:108462/1‑300 (MQ=255) cTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCATCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAA‑TGAGTAATCGTTAACGCTATCC‑GCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTG‑ATTTCTGTTGCCGTTGCCGCGCGAACATAACGc > 1:108453/1‑300 (MQ=255) cTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCATCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAA‑TGAGTAATCGTTAACGCTATCC‑GCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTG‑ATTTCTGTTGCCGTTGCCGCGCGAACATAACGc > 2:565146/1‑300 (MQ=255) tGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCATCAGGCGTTCTTTTAAACAGTACCATTGAAAATAACATAGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAA‑TGAGTAATCGTTAACGCTATCC‑GCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTG‑ATTTCTGTTGCCGTTGCCGCGCGAACATAACGc < 2:305509/299‑1 (MQ=255) tGGTACCCCGGGGGCAATCTTTAGACCCAACCCATCATGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAA‑TGAGTAATCGTTAACGCTATCC‑GCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTG‑ATTTCTGTTGCCGTTGCCGCGCGAACATAACGc < 2:305517/299‑1 (MQ=255) gTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCATCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAA‑TGAGTAATCGTTAACGCTATCC‑GCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTG‑ATTTCTGTTGCCGTTGCCGCGCGAACATAACGCCATggg < 1:98658/296‑1 (MQ=255) 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gTTACCATACTGGCTG‑ATTTCTGTTGCCGTTGCCGCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTCGCATCGCCTGGGCAATTTGCCGCGCCTACCCACCAGGCGTTCTTATAAATGCCGCCGTTATAGATAACGTACCATGTAGAAGAACCTTCCTGACCTTTCCAGGCTACTACAGCATAGTTGTCGTTTGACTTATCAGCTGGGGCTGGCTGAACATCAGGAGCCGGTTTAACGTCCGGTGCCGGTTTCACATCCGGTGAAGGCTGTGGTGCTGAAGTACAGGACt > 1:383232/1‑299 (MQ=255) ttACCATACTGGCTG‑ATTTCTGTTGCCGTTGCCGCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTCGCATCGCCTGGGCAATTTGCCGCGCCTACCCACCAGGCGTTCTTATAAATGCCGCCGTTATAGATAACGTACCATGTAGAAGAACCTTCCTGACCTTTCCAGGCTACTACAGCATAGTTGTCGTTTGACTTATCAGCTGGGGCTGGCTGAACATCAGGAGCCGGTTTAAAGTCCGGTGCAGGTTTCACATCCGGTGAAGGCTGTGGTGCTGAAGTACAGGa > 2:115112/1‑296 (MQ=255) aCCATACTGGCTG‑ATTTCTGTTGCCGTTGCCGCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTCGCATCGCCTGGGCAATTTGCCGCGCCTACCCACCAGGCGTTCTTATAAATGCCGCCGTTATAGATAACGTACCATGTAGAAGAACCTTCCTGACCTTTCCAGGCTACTACAGCATAGTTGTCGTTTGACTTATCAGCTGGGGCTGGCTGAACATCAGGAGCCGGTTTAACGTCCGGTGCCGGTTTCACATCCGGTGAAGGCTGTGGTGCTGAAGTACAGGACTGTgg < 1:231196/300‑1 (MQ=255) g‑ATTTCTGTTGCCGTTGCCGCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTCGCATCGCCTGTGCAATTTGCCGCGCCTACCCACCAGGCGTTCTTATAAATGCCGCCGTTATAGATAACGTACCATGTAGAAGAACCTTCCTGACCTTTCCAGGCTACTACAGCATAGTTGTCGTTTGACTTATCAGCTGGGGCTGGCTGAACATCAGGAGNCGGTTTAACGTCCGGTGCCGGTTTCACATCCGGTGAAGGCTGTGGTGCTGAAGTACAGGACTGTGGATTACTGGTTTc > 1:113599/1‑300 (MQ=255) gccgttgccgCGCGAANATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTCGCATCGCCTGGGCAATTTGCCGCGCCTACCCACCAGGCGTTCTTATAAATGCCGCCGTTATAGATAACGTACCATGTAGAAGAACCTTCCTGACCTTTCCAGGCTACTACAGCATAGTTGTCGTTTGACTTATCAGCTGGGGCTGGCTGAACATCAGGAGCCGGTTTAACGTCCGGTGCCGGTTTCACATCCGGTGAAGGCTGTGGTGCTGANGTACAGGACTGTGGATTANTGGTTTCTGAGATTTcc > 1:507775/1‑300 (MQ=255) gccgttgccgCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTCGCATCGCCTGGGCAATTTGCCGCGCCTACCCACCAGGCGTTCTTATAAATGCCGCCGTTATAGATAACGTACCATGTAGAAGAACCTTCCTGACCTTTCCAGGCTACTACAGCATAGTTGTCGTTTGACTTATCAGCTGGGGCTGGCTGAACATCAGGAGCCGGTTTAACGTCCGGTGCCGGTTTCACATCCGGTGAAGGCTGTGGTGCTGAAGTACAGGACTGTGGATTACTGGTTTCTGAGATTTcc > 1:203600/1‑300 (MQ=255) | TTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAA‑TGAGTAATCGTTAACGCTATCC‑GCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTG‑ATTTCTGTTGCCGTTGCCGCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTCGCATCGCCTGGGCAATTTGCCGCGCCTACCCACCAGGCGTTCTTATAAATGCCGCCGTTATAGATAACGTACCATGTAGAAGAACCTTCCTGACCTTTCCAGGCTACTACAGCATAGTTGTCGTTTGACTTATCAGCTGGGGCTGGCTGAACATCAGGAGCCGGTTTAACGTCCGGTGCCGGTTTCACATCCGGTGAAGGCTGTGGTGCTGAAGTACAGGACTGTGGATTACTGGTTTCTGAGATTTCC > NC_000913/3468715‑3469308 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |