| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,003,462 | C→A | A49S (GCG→TCG) | fliC ← | flagellar filament structural protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,003,462 | 0 | C | A | 99.0% | 331.1 / NA | 99 | A49S (GCG→TCG) | fliC | flagellar filament structural protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (50/48); total (51/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAGCCATTTTTTGCCAGCACGTTCACGCCGTTGAACTGGGTCTGACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTCGTCCTGGATAGAAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCAATCGCCTGACCCGCTGCGTCATCCTTCGCGCTGTTAATACGCAAGCCAGAAGACAGACGCTCGATAGAACTCGACA‑GCGCAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTGGTATTAATGACTTGTGCCATGATTCGTTATCCTATATTGCAAGTCGTTGATTACGTATTGGGTTTCCACCCGTCGGCTCAATCGCCGTCAACCCTGTTATCGTCTGTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTC > NC_000913/2003179‑2003756 | gAGCCATTTTTTGCCAGCACGTTCACGCCGTTGAACTGGGTCTGACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTCGTCCTGGATAGCAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCAATCGACTGACCCGCTGCGTCa < 1:671972/300‑1 (MQ=255) aTTTTTTGCCAGCACGTTCACGCCGTTGAACTGGGTCTGACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTCGTCCTGGATAGCAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGTTGAAACGGTTAGCAATCGACTGACCCGCTGCGTCATcc < 1:465846/298‑1 (MQ=255) aTTTTTTGCCAGCACGTTCACGCCGTTGAACTGGGTCTGACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTCGTCCTGGATAGCAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCAATCGACTGACCCGCTGCGTCATcc < 2:767895/298‑1 (MQ=255) ttttttGCCAGCACGTTCACGCCGTTGAGCTGGGTCTGACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTCGTCCTGGATAGCAGACAGATCATACTCAGAGTTAGTACCGTTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTTGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCAATCGACTGACCCGCTGCGTCATCCtt < 2:22178/299‑1 (MQ=255) 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tGAACTGGGTCTGACCAGATACACGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTCGTCCTTGATAGCAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGTTGAAACGGTTAGCAATCGACTGACCCGCTGCGTCATCCTTCGCGCTGTTAATACGCAAGCCataat < 2:485194/300‑5 (MQ=255) aaCTGGGTCTGACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTCGTCCTGGATAGCAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCAATCGACTGACCCGCTGCGTCATCCTTCGCGCTGTTAATACGCAAGCCAGAagac < 1:222530/300‑1 (MQ=255) tGGGTCTGACCAGATACNCGGTCAATTTCATCCAGANGGGATTTAATTTCGTCCTGGATAGCAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCAATCGACTGACCCGCTGCGTCATCCTTCGCGCTGTTAATACNCAAGCCAGAagacaga < 1:731887/300‑1 (MQ=255) gggTCTGACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTCGTCCTGGATAGCAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCCCGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCCTCAGTGGTCCGNGCAAAGGAGATACCGTTGTTGGCGTTCAGGGACGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCAACCGACTTCACCGCTGCGTCATCCTTCTCTCTTTTAATACGCCAGCCggaacgcagac > 2:265225/1‑293 (MQ=255) ggTCTGACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTCGTCCTGGATAGCAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTAAGGGCCACCTGAGTCAGGCCTTTAAGGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCAATCGACTGACCCGCTGTGTCAGCCTTAGCGTTGTTAATACGCAAGCCAGCagacagac > 2:83503/1‑299 (MQ=255) ggTCTGACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTCGTCCTGGATAGCAGACAGATAAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCCATCGACTGACCCGCTGCGTCATCCTTCGCGCTGTTAATACACAAGCCAGAagaaagac > 2:296278/1‑299 (MQ=255) 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GAGCCATTTTTTGCCAGCACGTTCACGCCGTTGAACTGGGTCTGACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTCGTCCTGGATAGAAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCAATCGCCTGACCCGCTGCGTCATCCTTCGCGCTGTTAATACGCAAGCCAGAAGACAGACGCTCGATAGAACTCGACA‑GCGCAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTGGTATTAATGACTTGTGCCATGATTCGTTATCCTATATTGCAAGTCGTTGATTACGTATTGGGTTTCCACCCGTCGGCTCAATCGCCGTCAACCCTGTTATCGTCTGTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTC > NC_000913/2003179‑2003756 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |