| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 92,687 | A→G | P425P (CCA→CCG) | ftsI → | peptidoglycan DD‑transpeptidase FtsI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 92,687 | 0 | A | G | 96.9% | 354.4 / ‑5.0 | 96 | P425P (CCA→CCG) | ftsI | peptidoglycan DD‑transpeptidase FtsI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (55/38); minor base T (1/2); total (56/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTACTCAATACCATTCCTTATCGAATTAACGGCCACGAAATCAAAGACGTGGCACGCTACAGCGAATTAACCCTGACCGGGGTATTACAGAAGTCGAGTAACGTCGGTGTTTCCAAGCTGGCGTTAGCGATGCCGTCCTCAGCGTTAGTAGATACTTACTCACGTTTTGGACTGGGAAAAGCGACCAATTTGGGGTTGGTCGGAGAACGCAGTGGCTTATATCCTCAAAAACAACGGTGGTCTGACATAGAGAGGGCCACCTTCTCTTTCGGCTACGGGCTAATGGTAACACCATTACAGTTAGCGCGAGTCTACGCAACTATCGGCAGCTACGGCATTTATCGCCCACTGTCGATTACCAAAGTTGACCCCCCGGTTCCCGGTGAACGTGTCTTCCCGGAATCCATTGTCCGCACTGTGGTGCATATGATGGAAAGCGTGGCGCTACCAGGCGGCGGCGGCGTGAAGGCGGCGATTAAAGGCTATCGTATCGCCATTAAAACCGGTACCGCGAAAAAGGTCGGGCCGGACGGTCGCTACATCAATAAATATATTGCTTATACCGCAGGCGTTGCGCCTGCGA > NC_000913/92394‑92976 | gTACTCAATACCATTCCTTATCGAATTAACGGCCACGAAATCAAAGACGTGGCACGCTACAGCGAATTAACCCTGACCGGGGTATTAAAGAAGTCGAGTAACGTCGGTGTTTCCAAGCTGGCGTTAGCGATGCCGTCCTCAGCGTTAGTAGATACTTACTCACGTTTTGGACTGGGAAAAGCGACCAATTTGGGGTTGGTCGGAGAACGCAGTGGCTTATATCCTCAAAAACAACGGTGGTCTGACATAGAGAGGGCCACCTTCTCTTTCGGCTACGGGCTAATGGTAACACCTTTACa > 1:488808/1‑299 (MQ=255) aCTCAATACCATTCCTTATCGAATTAACGGCCACGAAATCAAAGACGTGGCACGCTACAGCGAATTAACCCTGACCGGGGTATTACAGAAGTCGAGTAACGTCGGTGTTTCCAAGCTGGCGTTAGCGATGCCGTCCTCAGCGTTAGTAGATACTTACTCACGTTTTGGACTGGGAAAAGCGACCAATTTGGGGTTGGTCGGAGAACGCAGTGGCTTATATCCTCAAAAACAACGGTGGTCTGACATAGAGAGGGCCACCTTCTCTTTCGGCTACGGGCTAATGGTAACACCGTTACAGtt > 1:95248/1‑300 (MQ=255) aaTACCATTCCTTATCGAATTAACGGCCACGAAATCAAATACGTGGCACGCTACAGCGAATTAACCCTGACCGGGGTATTACAGAAGTCGAGTAACGTCGGTGTTTCCAAGCTGGCGTTAGCGATGCCGTCCTCAGCGTTAGTAGATACTTACTCACGTTTTGGACTGGGAAAAGCGACCAATTTGGGGTTGGTCGGAGAACGCAGTGGCTTATATCCTCAAAAACAACGGTGGTCTGACATAGAGAGGGCCACCTTCTCTTTCGGCTACGGGCTAATGGTAACACCGTTACAGTTAgcg < 2:95248/300‑1 (MQ=255) aaTACCATTCCTTATCGAATTAACGGCCACGAAATCAAAGACGTGGCACGCTACAGCGAATTAACCCTGACCGGGGTATTACAGAATTCGAGTAACGTCGGTGTTTCCAAGCTGGCGTTAGCGATGCCGTCCTCAGCGTTAGTAGATACTTACTCACGTTTTGGACTGGGAAAAGCGACCAATTTGGGGTTGGTCGGAGAACGCAGTGGCTTATATCCTCAAAAACAACGGTGGTCTGACATAGAGAGGGCCACCTTCTCTTTCGGCTACGGGCTAATGGTAACACCGTTACAGTTAgcg < 1:256100/300‑1 (MQ=255) 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GTACTCAATACCATTCCTTATCGAATTAACGGCCACGAAATCAAAGACGTGGCACGCTACAGCGAATTAACCCTGACCGGGGTATTACAGAAGTCGAGTAACGTCGGTGTTTCCAAGCTGGCGTTAGCGATGCCGTCCTCAGCGTTAGTAGATACTTACTCACGTTTTGGACTGGGAAAAGCGACCAATTTGGGGTTGGTCGGAGAACGCAGTGGCTTATATCCTCAAAAACAACGGTGGTCTGACATAGAGAGGGCCACCTTCTCTTTCGGCTACGGGCTAATGGTAACACCATTACAGTTAGCGCGAGTCTACGCAACTATCGGCAGCTACGGCATTTATCGCCCACTGTCGATTACCAAAGTTGACCCCCCGGTTCCCGGTGAACGTGTCTTCCCGGAATCCATTGTCCGCACTGTGGTGCATATGATGGAAAGCGTGGCGCTACCAGGCGGCGGCGGCGTGAAGGCGGCGATTAAAGGCTATCGTATCGCCATTAAAACCGGTACCGCGAAAAAGGTCGGGCCGGACGGTCGCTACATCAATAAATATATTGCTTATACCGCAGGCGTTGCGCCTGCGA > NC_000913/92394‑92976 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |