| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,585,230 | A→G | L511P (CTG→CCG) | hsdR ← | type I restriction enzyme EcoKI endonuclease subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,585,230 | 0 | A | G | 96.5% | 305.0 / NA | 87 | L511P (CTG→CCG) | hsdR | type I restriction enzyme EcoKI endonuclease subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (36/48); minor base T (0/3); total (36/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGGTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCAGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCC > NC_000913/4584950‑4585524 | aCGGTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAgaga > 1:209054/1‑300 (MQ=255) ggTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAAc > 2:526755/1‑300 (MQ=255) gTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGAAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTAGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAaga > 2:151247/1‑295 (MQ=255) gTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTAGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTACTGTCGCAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACTCGTATCTTAAAAAGCGCCTGGCGCCTGCTCGCCAAgaga > 2:347135/1‑297 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |