| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2653419 | 115 (1.030) | 15 (0.150) | 12/538 | 5.6 | 12.1% | noncoding (37/100 nt) | timR | putative small regulatory RNA TimR |
| ? | NC_000913 | 2653746 = | 112 (1.100) | intergenic (‑291/‑109) | timR/ryfA | putative small regulatory RNA TimR/small regulatory RNA RyfA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
TCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACC‑GGTAAAAGATATTACTTAAACATGT‑AAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAA‑CCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGTATTATCCACTGCGGCCCTTTCCGCCGTCTCGCAAACGGGCGCTGGCTTTAGGAAAGGATGTTCCGTGGCCGTAAATGCAGGTGTTTCACAGCGCTTGCTATCGCGGCAATATCGCCAGTGGTGCTGTCGTG‑ATGCGGTCTTCGCATGGACCGCACAATGAAGATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGC > NC_000913/2653449‑2654044 | tCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACC‑GGTAAAAGATATTACTTAAACATGT‑AAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAA‑CCGCCAAAATCAGGCGGTTGTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTAt > 1:883556/1‑300 (MQ=255) aGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGNCACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACC‑GGTAAAAGATATTACTTAAACATGT‑AAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAA‑CCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTAc < 1:651132/299‑1 (MQ=255) aGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGTTAATAAAATAACCTGGCGTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACC‑GGTAAAAGATATTACTTAAACATGT‑AAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAA‑CCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTAc < 2:822843/299‑1 (MQ=255) aGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACC‑GGTAAAAGATATTACTTAAACATGT‑AAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAA‑CCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTAc < 1:664892/299‑1 (MQ=255) aGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACC‑GGTAAAAGATATTACTTAAACATGT‑AAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAA‑CCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTAc < 2:408567/299‑1 (MQ=255) aGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCCCTTCTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAAGTAGTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCGCAAAATTAAAAATTCTAACC‑GGTAAAAGATATTACTTAAACATGT‑AAATTCACTTTCCTTGAAAA‑AACAAAAAA‑CCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTAc < 2:602797/299‑1 (MQ=255) aGCAAAACAATACGCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACC‑GGTAAAAGATATTACTTAAACATGT‑AAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAA‑CCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTAc < 1:664885/299‑1 (MQ=255) 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aCTCACCAGTAACTCTCTTTTTTTCAAGCAAAAGAGAGTAAGTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCATGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACC‑GGTAAAAGATATTACTTAAACATGT‑AAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAA‑CCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCa < 2:561757/300‑1 (MQ=255) ctgcgagatgtgtataagagacaggCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACC‑GGTAAAAGATATTACTTAAACATGT‑AAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAA‑CCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAgc > 1:301711/25‑300 (MQ=255) actaGTAACTCTTTTTTTTTCAAGTAAAAGAGAGTAAGTATTGTGTATTTAGCGTACTATCGACACCGTCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAGAATAACCGTGCTTGTTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAAGAAATCCTGCGCAGAAGGAAAAATTTGAACC‑GGTAAAAGATATTACTTGAACATGT‑GAAGTTACTTTCCTTGAAAA‑AACGAAAAA‑CCGCCAAAATTAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAgcg < 1:876710/297‑1 (MQ=255) 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agGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTAAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGTATTATCCACTGCGGCCCTTTCCGCCGTCTCGCAAACGGGCGCTGGCTTTAGGAAAGGATGTTCCGTGGCCGTAAATGCAGGTGTTTCACAGCGCTTACTATCGCGGCAATATCGCCAGTGGTGCTGTCGTG‑ATGCGGTCTTCGCATGGACCGCACAATGAAGATACGGTGCTGTTGTATCGTACTTATTGTTTCt > 2:449652/1‑300 (MQ=255) ttGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGTATTATCCACTGCGGCCCTTTCCGCCGTCTCGCAAACGGGCGCTGGCTTTAGGAAAGGATGTTCCGTGGCCGTAAATGCAGGTGTTTCACAGCGCTTGCTATCGCGGAAATATCGCCAGTGGTGCTGTCGTG‑CTGCGGTCTTCGAATGGACCGCACAATGAAGATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATCGTTTTTGGt > 2:374314/1‑300 (MQ=255) gTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGTATTATCCACTGCGGCCCTTTCCGCCGTCTCGCAAACGGGCGCTGGCTTTAGGAAAGGATGTTCCGTGGCCGTCAATGCAGGTGTTTCACAGCGCTTGCTATCGCGGCAATATCGCCAGTGGTGCTGTCGTG‑ATGCGGTCTTCGCATGGACCGCACAATGAAGATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCt > 2:157687/1‑295 (MQ=255) | TCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACC‑GGTAAAAGATATTACTTAAACATGT‑AAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAA‑CCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGTATTATCCACTGCGGCCCTTTCCGCCGTCTCGCAAACGGGCGCTGGCTTTAGGAAAGGATGTTCCGTGGCCGTAAATGCAGGTGTTTCACAGCGCTTGCTATCGCGGCAATATCGCCAGTGGTGCTGTCGTG‑ATGCGGTCTTCGCATGGACCGCACAATGAAGATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGC > NC_000913/2653449‑2654044 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |