| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1287084 | 65 (0.580) | 12 (0.120) | 11/548 | 6.0 | 16.7% | noncoding (153/171 nt) | rttR | small RNA RttR |
| ? | NC_000913 | 1287557 = | 59 (0.570) | noncoding (66/85 nt) | tyrT | tRNA‑Tyr | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCT‑CGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑T‑T‑GGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGAT > NC_000913/1286789‑1287380 | gctaaaGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCACCCTTCCCCGCGTGGGCATAATATTTAATTGCGGCTTCGTTTGAGAATTCTGGGGCTTTTGAAAGGGGTGGTGGTGGTGGAGGGACTACTCAGCGCTGCGCGCGTCGCCCTTCGAGGCGTTGCCTGCGGCAACACTCTCT‑CGCTTACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATGTGATTGCGGATTCGCGGGAGAGTTCAGGGACTTTGGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTACTc < 2:615066/296‑1 (MQ=17)gcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCT‑CGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTACTc < 1:313739/300‑1 (MQ=255) aGTCTAACTTTGGTAGAAGTTTCTCACCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTGGATTTCAGATTCGTTTGAGAGTTCCGGGGTTTGGGAGATTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCT‑CGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTACTCAgcgc < 2:457702/300‑1 (MQ=17) aGTCGAACTTTGGTCGAAGCTTAGCCCCCTTCCCCGCTTGGGCATACTATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTTCGGGGCTTGTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACACTCTCT‑CGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTACTCAgcgc < 2:366333/300‑1 (MQ=17) gTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCNTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCT‑CGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATCTTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGATTTTTGAAAGTGCTGGTG‑GTGGGGGAAGGATTAATCAGCGCt > 2:629066/1‑300 (MQ=255) aaGCTTCTACTCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGCAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCT‑CGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTATCCTCCTTACCAGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGCGAGTTCAGGAACTTCTGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTCATCAGCGCTGCGCGCTTCGCACtt > 1:262060/1‑300 (MQ=17) aGCTTCTCATCCTTCCCNGCTTGGGCAGAATATGTGNTTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCT‑CGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCNGCGCGCTTCGCCCTTc < 1:745632/300‑1 (MQ=255) ttCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCT‑CGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTc > 1:213957/1‑297 (MQ=255) tgtgCAGAATATCTGATTGCGGATTCGTTTGAGAAGTCCTGTGCTTTTGAAAGTGGGGGTGGTTGTGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCT‑CGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTACTc < 2:208641/254‑1 (MQ=17) agagtatTTGNTTGCGGATTCGTTGTAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCT‑CGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCNGCGCGCTTCGCCCTTc < 1:745697/270‑1 (MQ=255) tatTTGATTGCTGATTCGTTTTAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACG‑TGTGTGCGTTGGCGTTTGGGGCGAGGAGGGGTGGAGGAGGTGCAGCAGTAAACGTAGGGGCAGAAGGTGGGATTGCGGATGCGTGGGAGGGTTTGGGGATTTTTGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGc < 1:798370/300‑1 (MQ=9) cGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCT‑CGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGaa > 1:510447/1‑300 (MQ=255) tttGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCT‑CGCTGACGCTCGAGTCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCAGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGCTTGAAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGNTG‑GTGGGGGAAGGAttcatcccctct > 2:680116/1‑226 (MQ=14) 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ttCCGTGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGTGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTNGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCT‑CGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCTTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTc < 2:277762/237‑1 (MQ=255) tGAAAGTGATGGTGGTGGGGTAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCT‑CGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATc < 1:99547/299‑1 (MQ=255) tggtggtggGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCT‑CGCTGANGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCa < 1:629066/300‑1 (MQ=255) gtggtggGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCT‑CGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCAt > 1:491677/1‑299 (MQ=255) gtggtggGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCT‑CGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCATGGACTTTTGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTACCCCGCGCTGCGTGCTTCGCCCTTCGGTTCGTCGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTAGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTAATCCTTCCCCGCAt > 1:613211/1‑299 (MQ=17) ggATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCT‑CGCTGACGCTCTAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCACAGAATGGGCAGAATAttt > 1:824024/1‑300 (MQ=255) 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GCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCT‑CGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTG‑GTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑T‑T‑GGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGAT > NC_000913/1286789‑1287380 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |