| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_012971 | 2,275,119 | 2 bp→TG | intergenic (+4/‑98) | ECD_RS25720 → / → yfbM | hypothetical protein/YfbM family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_012971 | 2,275,119 | 0 | A | T | 100.0% | 466.0 / NA | 136 | intergenic (+4/‑99) | ECD_RS25720/yfbM | hypothetical protein/YfbM family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (83/53); total (83/53) | |||||||||||
| * | NC_012971 | 2,275,120 | 0 | A | G | 99.3% | 495.3 / NA | 136 | intergenic (+5/‑98) | ECD_RS25720/yfbM | hypothetical protein/YfbM family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (82/53); total (83/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
CTGGTCGGCAGAATACAGGATATCAACGCCGTTCGTCAGGTAAAAACGGCATTGTTATCATCCCGGGATTTATCTGTTTATTCTATGAATGCCCCATGGTTTATTCCCGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCGTAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACAGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGATGGTGTTATAACCTTGTTACACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAACAGCGACATGTACATTTTATTTTCCCTCGTCTGTTTTAAGATGCGAAACATAAAATTCAATGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGTTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAAT > NC_012971/2274829‑2275409 || cTGGTCGGCAGAATACAGGATATCAACGCCGTTCGTCAGGTAAAAACGGCATTGTTATCATCCCGGGATTTATCTGTTTATTCTATGAATGCCCCATGGTTTATTCCCGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCGTAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCAATTGCCCGGTGATACAGCAGACAGATTGAATTCTCCGAAAATGGCTCAGATGGTGGTATAACCTTGTTAAACAACAGTAAATAATAATGATTtctc > 2:29832/1‑299 (MQ=255) 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CTGGTCGGCAGAATACAGGATATCAACGCCGTTCGTCAGGTAAAAACGGCATTGTTATCATCCCGGGATTTATCTGTTTATTCTATGAATGCCCCATGGTTTATTCCCGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCGTAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACAGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGATGGTGTTATAACCTTGTTACACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAACAGCGACATGTACATTTTATTTTCCCTCGTCTGTTTTAAGATGCGAAACATAAAATTCAATGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGTTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAAT > NC_012971/2274829‑2275409 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |