| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_012971 | 1,834,871 | G→A | P201L (CCC→CTC) | fadD ← | long‑chain‑fatty‑acid‑‑CoA ligase FadD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_012971 | 1,834,871 | 0 | G | A | 98.8% | 280.1 / NA | 82 | P201L (CCC→CTC) | fadD | long‑chain‑fatty‑acid‑‑CoA ligase FadD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (37/43); minor base C (0/1); total (37/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAACTCTTTTACCAACCCTGGAATATCGCGCGGGTTAGTGATAAGCAGGTTCTGCCCACCCAGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGGGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTATGCAGTGCGCTACGAAATGAAATGGCATCTGGCAGATGGTATTTCGGCACCAAACGCTTGATGTATTTAACAACGAAATTGACTACCGTGCCTTTTGCCGTAGATAGCTGATCGCCCATACGGGTCAGAATTACGTGCTGAACGGCGGTTTTATCAACCACTTTTTCCAGTGTGTGAGCAAAGTTAGACACGATAACAATCGCCGATGCGCCGCTATCGTTAAGCTGATGCTCAAGCTCACGCGGGGTATACAACGGGTTAACGT > NC_012971/1834588‑1835165 | tAACTCTTTTACCAACCCTGGAATATCGCGCGGGTTAGTGATAAGCAGGTTCTGCCCACCCAGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGGGCAAAAATTTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGAGTTTGACGTACTGCAt < 2:492566/300‑1 (MQ=255) ttttACCAACCCTGGAATATCGCGCGGGTTAGTGATAAGCAGGTTCTGCCCACCCAGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGAGTTTGACGTACTGCATCCGGt < 1:534488/299‑1 (MQ=255) cccTGGAATATCGCGCGGGTTAGTGATAAGCAGGTTCTGCCCACCCAGTTCGATAAACAGCAGGCGGTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGAGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTAt > 1:129757/1‑299 (MQ=255) cccTGGAATATCGCGCGGGTTAGTGATAAGCAGGTTCTGCCCACCCAGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGAGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTAt > 1:260092/1‑299 (MQ=255) cccTGGAATATCGCGCGGGTTAGTGATAAGCAGGTTCTGCCCACCCAGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCAACACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGAGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTAt > 1:259602/1‑299 (MQ=255) tGGAATATCGCGCGGGTTAGTGATGAGCAGGTTCTGCCCATCCAGTTCGATAACCAACAGGCAGTTAATGATCAGGGCAAAAATTTGATACATCGGCAGCGCCTTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGTCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGAGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTATGCAg < 2:41053/300‑1 (MQ=255) tGGAATATCGCGCGGGTTAGTGATAAGCAGGTTCTGCCCACCCAGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCATTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGAGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTATGc < 1:104310/298‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |