| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_012971 | 1,308,529 | G→A | Q4* (CAA→TAA) | trpE ← | anthranilate synthase component I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_012971 | 1,308,529 | 0 | G | A | 98.5% | 431.3 / NA | 133 | Q4* (CAA→TAA) | trpE | anthranilate synthase component I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (70/61); minor base C (2/0); total (72/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
CGGCAGTTTGGTGATTGTTCACTTTCCACACCCGCAGGCAGGGCGTTATCCAGTAGTGCCAGCAGGGCTTCGCCGTTGCCGGAAAGTGCCTGGATTGTGACAGTGTCACCTAAAGCTGTAATGCGCAGCGCACTGTCTACCAGCAGCAGGCTTTTTAAATCATCTTTGCTGTCGATATCTGCGGATTCCAGCAGCAGCGTTGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCTGTTCGAGAGTCGGTTTTTGTGTTTGCATTGTTATTCTCTAATTTTGTTCAAAAAAAAGCCCGCTCATTAGGCGGGCTGGGTATCTGATTGCTTTACGCATGGTGAATACACTGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGC > NC_012971/1308237‑1308817 | cGGCAGTTTGGTGATTGTTCACTTTCCACACCCGCAGGCAGGGCGTTATCCAGTAGTGCCAGCAGGGCTTCGCCGTTGCCGGAAAGTGCCTGGATTGTGACAGTGTCACCTAAAGCTGTAATGCGCAGCGCACTGTCTACCAGCAGCAGGCTTTTTAAATCATCTTTGCTGTCGATATCTGCGGATTCCAGCAGCAGCGTTGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCTGTTCGAGAGTCGGTTTTTATGTTTGc > 1:100347/1‑300 (MQ=255) 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ttATCCAGTAGTGCCAGCAGGGCTTCGCCGTTGCCGGAAAGTGCCTGGATTGTGACAGTGTCACCTAAAGCTGTAATGCGCAGCGCACTGTCTACCAGCAGCAGGCTTTTTAAATCATCTTTGCTGTCGATATCTGCGGATTCCAGCAGCAGCGTTGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCTGTTCGAGAGTCGGTTTTTATGTTTGCATTGTTATTCTCTAATTTTGTTCAAAAAAAAGCCCGCTCATTa > 2:490563/1‑298 (MQ=255) tATCCAGTAGTGCCAGCAGGGCTTCGCCGTTGCCGGAAAGTGCCTGGATTGTGACAGTGTCACCTAAAGCTGTAATGCGCAGCGCACTGTCTACCAGCAGCAGGCTTTTTAAATCATCTTTGCTGTCGATATCTGCGGATTCCAGCAGCAGCGTTGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCTGTTCGAGAGTCGGTTTTTATGTTTGCATTGTTATTCTCTAATTTTGTTCAAAAAAAAGCCCGCTCATTAGGc < 2:782129/300‑1 (MQ=255) gtCCAGTAGTGCCAGCAGGGCTTCGCAGTTGCCGGAAAGTGCCTGGATTGTGAAAGTGTCAACTAAAGCTGTAATGCGCAGCGCACTGTCTACCAGCAGCAGGCTTTTTAAATCATCTTTGCTGTCGATATCTGCGGATTCCAGCAGCAACGTTGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCTGTTCGAGAGTCGGTTTTTATGTTTGCATTGTTATTCTCTAATTTTGTTCAAAAAAACGACCGCTCATTAGGc > 2:188557/2‑299 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |