| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_012971 | 1,002,731 | G→A | intergenic (‑130/‑226) | ssuE ← / → elfA | NADPH‑dependent FMN reductase/fimbrial protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_012971 | 1,002,731 | 0 | G | A | 99.4% | 616.5 / NA | 169 | intergenic (‑130/‑226) | ssuE/elfA | NADPH‑dependent FMN reductase/fimbrial protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (81/87); minor base C (0/1); total (81/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
CTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGGCGAAGTTTTGCAGATTCCAGTGATAAACCTCTACATCCAGGCCATTTAGTTTTTCCCGCGCATATTCCAGCAAGGAGCTGGAGCGAGAAGGAAAGCGAGGACTACCCGCCAG‑GGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAATATAAATTTTGTGTATCTTTTTCT‑GAAAATAAACTAAAGAAAGGGCTTTATATATCACGCATATTTATTTATTGGATAGTCATTAGATGTTGAATCAATGAATTACTCGTTCAGTTAATATTTAAATATTCATGAAATCTATAAATTAAAGATTTGTCACTTATTGGATTTAGTATGCTTGATTTAAATGGCGGACAATTATTGTTATTATTAAGTCTAATGTCATTTAAAGGCATTATCATATTTACGAAGAGATCAGGATGATAACGATGAAAAAAAGTGTATTGACGGCGTTTATAACTGTGGTATGTGCAACGTCCAGCGTTATGGC > NC_012971/1002441‑1003018 | cTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGGCGAAGTTTTGCAGATTCCAGTGATAAACCTCTACATCCAGGCCATTTAGTTTTTCCCGCGCATATTCCAGCAAGGAGCTGGAGCGAGAAGGAAAGCGAGGACTACCCGCCAG‑GGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAATATAAATTTTGTGTATCTTTTTCT‑GAAAATAAACTAAAGAAAGAGCTTtata > 2:82237/1‑299 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CTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGGCGAAGTTTTGCAGATTCCAGTGATAAACCTCTACATCCAGGCCATTTAGTTTTTCCCGCGCATATTCCAGCAAGGAGCTGGAGCGAGAAGGAAAGCGAGGACTACCCGCCAG‑GGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAATATAAATTTTGTGTATCTTTTTCT‑GAAAATAAACTAAAGAAAGGGCTTTATATATCACGCATATTTATTTATTGGATAGTCATTAGATGTTGAATCAATGAATTACTCGTTCAGTTAATATTTAAATATTCATGAAATCTATAAATTAAAGATTTGTCACTTATTGGATTTAGTATGCTTGATTTAAATGGCGGACAATTATTGTTATTATTAAGTCTAATGTCATTTAAAGGCATTATCATATTTACGAAGAGATCAGGATGATAACGATGAAAAAAAGTGTATTGACGGCGTTTATAACTGTGGTATGTGCAACGTCCAGCGTTATGGC > NC_012971/1002441‑1003018 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |