| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_012971 | 791,250 | A→T | intergenic (‑680/+176) | ECD_RS03990 ← / ← ybhB | hypothetical protein/kinase inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_012971 | 791,250 | 0 | A | T | 98.5% | 228.7 / NA | 65 | intergenic (‑680/+176) | ECD_RS03990/ybhB | hypothetical protein/kinase inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (33/31); minor base G (0/1); total (33/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTGCTTCTCTGGAGTGCGACAGGTTTGATGACAAAAAATTAGCGCAAGAAGACAAAAA‑TCACCTTGCGCTAATGCTCTGTTACAGGTCACTAATACCATCTAAGTAGTTGATTCATAGTGACTGCATATGTTGTGTTTTACAGTATTATGTAGTCTGTTTTTTATGCAAAATCTAATTTAATATATTGATATTTATATCATTTTACGTTTCTCGTTCAGCTTTTTTATACTAATTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGCATTGCGCCATCTGGCAGAGTGATTAACTAAACATCGCAGTAATCGAGGCGCTTGCCAGAGAGTGGAAATGAACGTTAAACCCGACCATCGCGCCGCTGGCACCTTCATCGACATCAATACGTTCTATATCC > NC_012971/791102‑791534 | tggttgtaaattcaactaacccagtgagttgaCAAAAAATTAGCGCAAGAGGACAAAAAATCACCTTGCGCTAATGCTCTGTTACAGGTCACTAATATCATCTAAGTAGTTGATTCATAGTGACTGCATATGTTGTGTTTTACAGTATTTTGTAGTCTGTTTTTTATGCAAAATCTAATTTAATATATTGATATTTATATCATTTTACGTTTCTCGTTCAGCTTTTTTATACTAATTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGAt < 1:449268/271‑1 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gttgtGTTTTACAGTATTTTGTAGTCTGTTTTTTATGCAAAATCTAATTTAATATATTGATATTTATATCATTTTACGTTTCTCGTTCAGCTTTTTTATACTAATTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGCATTGCGCCATCTGGCAGAGTGATTAACTAAACATCGCNGTAATCGAGGCGCTTGCCAGAGAGTGGAAATGAACGTTAAACCCGACCATCGCGCCGCTGGCAACTTCATCGACATCAATACGTTCtata > 2:642090/1‑300 (MQ=255) ttgtGTTTTACAGTATTTTGTAGTCTGTTTTTTATGCAAAATCTAATTTAATATATTGATATTTATATCATTTTACGTTTCTCGTTCAGCTTTTTTATACTAATTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCNGATGGCATTGCGCCATCTGGCAGAGTGATTAACTAAACATCGCAGTAATCGAGGCGCTTGCCAGAGAGTGGAAATGAACGTTAAACCCGACCATCGCGCCGCTGGCACCTTCATCGACATCAATACGTTCTatat < 2:586498/300‑1 (MQ=255) ttgtGTTTTACAGTATTTTGTAGTCTGTTTTTTATGCAAAATCTAATTTAATATATTGATATTTATATCATTTTACGTTTCTCGTTCAGCTTTTTTATACTAATTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGCATTGCGCCATCTGGCAGAGTGATTAACTAAACATCGCAGTAATCGAGGCGCTTGCCAGAGAGTGGAAATGAACGTTAAACCCGACCATCGCGCCGCTGGCACCTTCATCGACATCAATACGTTCTatat < 2:461138/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |