| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_012971 | 753,860 | A→G | pseudogene (144/921 nt) | ECD_RS03715 ← | phage integrase Arm DNA‑binding domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_012971 | 753,860 | 0 | A | G | 99.0% | 375.2 / NA | 100 | pseudogene (144/921 nt) | ECD_RS03715 | phage integrase Arm DNA‑binding domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (49/50); minor base T (0/1); total (49/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGTTGATCTGATTAACTTGGCTGACGCCGCCTTGCCCTCGTCTATGTATCCATTGAGCATTGCCGCAATTTCTTTTGTGGTGATGTCTTCAAGTGGAGCATCAGGCAGACCCCTCCTT‑ATTGCTTTAATTTTGCTCATGTAATTTATGAGTGTCTTCTGCTTGATTCCTCTGCTGGCCAGGATTTTTTCGTAGCGATCAAGCCATGAATGTAACGTAACGGAATTATCACTGTTGATTCTCGCTGTCAGAGGCTTGTGTTTGTGTCCTGAAAATAACTCAATGTTGGCCTGTATAGCTTCAGTGATTGCGATTCGCCTGTCTCTGCCTAATCCAAACTCTTTACCCGTCCTTGGGTCCCTGTAGCAGTAATATCCATTGTTTCTTATATAAAGGTTAGGGGGTAAATCCCGGCGCTCATGACTTCGCCTTCTTCCCATTTCTGATCCTCTTCAAAAGGCCACCTGTTACTGGTCGATTTAAGTCAACCTTTACCGCTGATTCGTGGAACAGATACTCTCTTCCATCCTTAACCGGAGGTGGGAATATCCTGCATTCCCGAACCCATCGACGAACTGTTTCAAGGCTTCTT > NC_012971/753565‑754155 | gtgtTGATCTTATTAACTTGGCTGACGCCGCCTTGCCCTCGTCTATTTATCCATTGAGCATTGCCGCAATTTCTTTTTTGGTGATGTCTTCAATTGGAGCATCAGGCAGCCCCCTCCTT‑ATTGCTTTAATTTTGCTCATGTAATTTATGAGTGTCTTCTGCTTGATTCCTCTGCTGGCCAGGATTTTTTCGTAGCGATCAAGCCATGAATGTAGCGTAACGGAATTATCACTGTTGATTCTCGCTGTCATAGGCTTGTGTTTGTGTCCTGAAAATAACTCAATGTTGGCCTGTATGGCtt < 2:96224/300‑1 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gTATGGCTTCAGTGATTGCGATTCGCCTGTCTCTGCCTAATCCAAACTCTTTACCCGTCCTTGGGTCCCTGTAGCAGTAATATCCATTGTTTCTTATATAAAGGTTAGGGGGTAAATCCCGGCGCTCATGACTTCGCCTTCTTCCCATTTCTGATCCTCTTCAAAAGGCTACCTGTTACTGGTCGATTTAAGTCAACCTTTACCGCTGATTCGTGGAACAGATATTCTCTTCCATCCTTAACCGGAGGAGGGAATATCCTGCATTCGCGCACCCATCGACGAACTGTTTCAAGGcttctt > 2:539528/1‑300 (MQ=255) gTATGGCTTCAGTGATTGCGATTCGCCTGTCTCTGCCTAATCCAAACTCTTTACCCGTCCTTGGGTCCCTGTAGCAGTAATATCCATTGTTTCTTATATAAAGGTTAGGGGGTAAATCCCGGCGCTCATGACTTCGCCTTCTTCCCATTTCTGATCCTCTTCAAAAGGCTACCTGTTACTGGTCGATTTAAGTCAACCTTTACCGCTGATTCGTGGAACAGATATTCTCTTCCATCCTTAACCGGAGGAGGGAATATCCTGCATTCGCGCACCCATCGACGAACTGTTTAAAGGcttatt > 2:284618/1‑297 (MQ=255) | GTGTTGATCTGATTAACTTGGCTGACGCCGCCTTGCCCTCGTCTATGTATCCATTGAGCATTGCCGCAATTTCTTTTGTGGTGATGTCTTCAAGTGGAGCATCAGGCAGACCCCTCCTT‑ATTGCTTTAATTTTGCTCATGTAATTTATGAGTGTCTTCTGCTTGATTCCTCTGCTGGCCAGGATTTTTTCGTAGCGATCAAGCCATGAATGTAACGTAACGGAATTATCACTGTTGATTCTCGCTGTCAGAGGCTTGTGTTTGTGTCCTGAAAATAACTCAATGTTGGCCTGTATAGCTTCAGTGATTGCGATTCGCCTGTCTCTGCCTAATCCAAACTCTTTACCCGTCCTTGGGTCCCTGTAGCAGTAATATCCATTGTTTCTTATATAAAGGTTAGGGGGTAAATCCCGGCGCTCATGACTTCGCCTTCTTCCCATTTCTGATCCTCTTCAAAAGGCCACCTGTTACTGGTCGATTTAAGTCAACCTTTACCGCTGATTCGTGGAACAGATACTCTCTTCCATCCTTAACCGGAGGTGGGAATATCCTGCATTCCCGAACCCATCGACGAACTGTTTCAAGGCTTCTT > NC_012971/753565‑754155 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |