| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_012971 | 4,072,111 | T→C | pseudogene (172/1845 nt) | btuB → | TonB‑dependent vitamin B12 receptor BtuB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_012971 | 4,072,111 | 0 | T | C | 98.0% | 342.2 / NA | 98 | pseudogene (172/1845 nt) | btuB | TonB‑dependent vitamin B12 receptor BtuB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base C (50/46); total (52/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCTCTTAGTATCTTAGATACCCCTCCAAGCCCGAAGACCTGCCGGCCAACGTCGCATCTGGTTCTCATCATCGCGTAATATTGATGAAACCTGCGGCATCCTTCTTCTATTGTGGATGCTTTACAATGATTAAAAAAGCTTCGCTGCTGACGGCGTGTTCCGTCACGGCATTTTCCGCTTGGGCACAGGATACCAGCCCGGATACTCTCGTCGTTACTGCTAACCGTTTTGAACAGCCGCGCAGCACTGTGCTTGCACCAACCACCGTTGTGACCCGTCAGGATATCGACCGCTGGTAGTCGACCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGTTCTGCCGACCTTAGCCAGTTCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGAT > NC_012971/4071815‑4072401 | tctcTTAGTATCTTAGATACCCCTCCAAGCCCGAAGACCTGCCGTCCAACGTCGCATCTGGTTCTCATCATCGCGTAATATGGATGAAACCTGCGGCATCCTTCTTCTATTGTGGATGCTTTACAATGATTAAAAAAGCTTCGCTGCTGACGGCGTGTTCCGTCACGGCATTTTCCGCTTGGGCACAGGATACCAGCCCGGATACTCTCGTCGTTACTGCTAACCGTTTTGAACAGCCGCGCAGCACTGTGCTTGCACCAACCACCGTTGTGACCCGTCAGGATATCGACCGCTGGCAGt < 2:325364/300‑1 (MQ=255) 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aCCGCTGGCATTCGACCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGTTCTGCCGACCTTAGCCAGTTCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGAt > 1:692029/1‑299 (MQ=255) | TCTCTTAGTATCTTAGATACCCCTCCAAGCCCGAAGACCTGCCGGCCAACGTCGCATCTGGTTCTCATCATCGCGTAATATTGATGAAACCTGCGGCATCCTTCTTCTATTGTGGATGCTTTACAATGATTAAAAAAGCTTCGCTGCTGACGGCGTGTTCCGTCACGGCATTTTCCGCTTGGGCACAGGATACCAGCCCGGATACTCTCGTCGTTACTGCTAACCGTTTTGAACAGCCGCGCAGCACTGTGCTTGCACCAACCACCGTTGTGACCCGTCAGGATATCGACCGCTGGTAGTCGACCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGTTCTGCCGACCTTAGCCAGTTCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGAT > NC_012971/4071815‑4072401 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |