| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012971 | = 739785 | 83 (0.860) | 12 (0.170) | 10/438 | 4.4 | 17.3% | noncoding (76/76 nt) | ECD_RS03640 | tRNA‑Lys |
| ? | NC_012971 | 740008 = | 53 (0.740) | intergenic (+1/‑132) | ECD_RS03645/ECD_RS03650 | tRNA‑Lys/tRNA‑Lys | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCACTAATTACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCC‑TGCACGACCCAC‑CAGTTTTAACATCAAACTCA‑GA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTACGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGAGCCACCAATTTTAAAGATTGGTTCCGAGTAGAAATCTTTCAGGTAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGAC > NC_012971/739499‑740077 | ccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCACTACTTACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATACAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACTTCCCTTACAAGGAGGGGGTAGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCC‑TGCACGACCCAC‑CAGTTTTAACATCaa > 2:74918/1‑300 (MQ=255) gTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCACTAATTACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCCGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCC‑TGCACGACCCAC‑CAGTTTTAACATCAAACTCA‑GA‑TGTTAAGCGt > 1:338616/1‑298 (MQ=255) aGTTTACTTTTAATCAATTGTTCGCATGGTCGAATCCTTCACTCCCCACCCCTAATCACGCCGGTCCCTTTGGACGTCTTTTGTAGTATTCAGCACAATACTGGGTGAGTAGCGAATCGGGTAGAACACCTCCCTTACAAAGAGTGGTTTGGCGGTTCAATCCCATCAGTATACACCATCCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCC‑TGCACGACCCAC‑CAGTTTTAACATCAAACTCA‑GA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGt < 2:190727/299‑1 (MQ=9) aGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCACTAATTACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGTAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCC‑TGCACGACCCAC‑CAGTTTTAACATCAAACTCA‑GA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGt < 1:755968/299‑1 (MQ=255) gTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCACTAATTAAGGTGGGTTCGGTGGACGTCGTTTGGCGTATCCGGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTACCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCC‑TGCACGACCCAC‑CAGTTTTAACATCAAACTCA‑GG‑TGTTAAGCGTGAAGGACAACGtt > 1:344318/1‑299 (MQ=21) gcaggggcGAATCTTGCACGACCCACCACTAATTACGGTTGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCC‑TGCACGACCCAC‑CAGTTTTAACATCAAACTCA‑GA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTACGCCAGCAACGGCCCGTAggg < 1:660895/292‑1 (MQ=255) ttCGAATCCTGCACGACCCACCACTAATTACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCC‑TGCACGNCCCAC‑CAGTTTTAACATCAAACTCA‑GA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTACGCCAGCAACGGCCCGTAGGgcgagc > 1:170354/1‑299 (MQ=255) 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aCCCACCACTAATTACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACACACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCC‑TGCACGACCCAC‑CAGTTTTAACATCAAACTCA‑GA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTACGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGCGTCATCCt > 2:680470/1‑299 (MQ=255) ccacTAATTACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCAACCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCC‑TGCACGACCCAC‑CAGTTTTAACATCAAACTCA‑GA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTACGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGa > 1:226661/1‑300 (MQ=255) aaTTACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCC‑TGCACGACCCAC‑CAGTTTTAACATCAAACTCA‑GA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTACGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGAAcca > 2:692875/1‑299 (MQ=255) acccaccactaacatagttagttGTAGTATCCAGCGTAGTATTGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCTTTAGCTCAGTTGGCAGATCAGTTAACTTTCACTCACTTGGTCGCAGGTTAAAATCC‑TGCACGACCAAC‑AAGTTTTACAATCAAA‑TCAAGA‑TGTTAAGTGTGAAGGATAAAGTGCCGCCACAAACGGCCCGTAGGGCGGGTGAAGCGAGTCATCCTAACCGAGCAACCAAttt > 2:668470/22‑300 (MQ=2) gggTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCC‑TGCACGACCCAC‑CAGTTTTAACATCAACCTCA‑GA‑CGTTAAGCGTGAAGGCTACCTTTCCGCCAGCAAAGGCCCGTAGGGCGAGTGGCGCGAATCGTCCTGCACGAGCCACACATTTTa > 1:323204/1‑299 (MQ=18) gggTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCAACCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCC‑TGCACGACCCAC‑CAGTTTTAACATCAAACTCA‑GA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTACGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGAGCCACCAATTTTaa > 1:325978/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |