| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (69/35); new base T (0/36); total (69/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.80e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
CCATTATTTGTGTCTGCCTATGTTCGTTAATTCGTTCATCAGGAAATTATCTCAATGTCACATTATAAAACAGGTCATAAACAACCACGATTTCGTTATTCAGTTCTGGCCCGCTGCGTGGCGTGGGCAAATATCTCTGTTCAGGTTCTTTTTCCACTCGCTGTCACCTTTACCCCAGTAATGGCGGCACGTGCGCAGCATGCGGTTCAGCCACGGTTGAGCATGGGAAATACTACGGTAACTGCTGATAATAACGTGGAGAAAAATGTCGCGTCGTTTGCCGCAAATGCCGGGACATTTTTAAGCAGTCAGCCAGATAGCGATGCGACACGTAACTTTATTACCGGAATGGCCACAGCTAAAGCTAACCAGGAAATACAGGAGTGGCTCGGGAAATATGGTACTGCGCGCGTCAAACTGAATGTCGATAAAGATTTCTCGCTGAAGGATTCTTCGCTGGAAATGCTTTATCCGATTTATGATACGCCAACAAATATGTTGTTCACTCAGGGAGCAATACATCGTACCGACGATCGTACTCAGTCAAATATTGGTTTTGGCT > NC_012971/284486‑285047 | ccATTATTTGTGTCTGCCTATGTTCGTTAATTCGTTCATCCGGAAATTCTCTCAATGTCACATTATAAAACAGGTCATAAACAACCACGATTTCGTTATTCAGTTCTGGCCCGCTGCGTGGCGTGGGCAAATATCTCTGTTCAGGTTCTTTTTCCACTCGCTGTCACCTTTACCACAGTAATGGCGGCACGTGCGCAGCATGCGGTTCAGCAACGGTTGAGCATGGGAAATACTACGGTAACTGCTGATCATAACGTGGAGAAAAATGTAGCGTCGTTTGCCGCAACTGCCGGTACAttt > 1:240867/1‑300 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |