| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/36); new base A (0/23); total (27/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATTGATGGCTTATTGACACTCATAGCTTCCAATACAGGAATACCAAAACCTTCATATTTCCCTAGTAAGATAAGTGCACAACAATTTTCATAGTAGTCCCACTTATCTTCATCAGTGATATATCCTAATAATTGAACATGGTCATTTAATTTTAATTCATCAATCAAGTCCTGTAAAATTTTCTTAGCTCCATGATCACCCCCAGCAATTAATAATTTACAATTATCATTGACTAATTTTTTGAACTTTAGAAAAGCCTTTATCATCAAATCGTATTGTTTATCTTCATGCAAAGCACCCACCGAGAAAAAAAAA‑GGTTCACAATCATATTGGTGTATAGAGGATTTTTTAAAATCACCTAATATATTGTAAGTTACAATAACCTTATCGCTCTTGACATTAAGGGTATTGATAATATCATTTTTTGAATTATTGGACACTGTAGCGATTTTTTCCGATTTGTGAGCACACATATATGTGAAAAACTTTAGATACAATCTTTGTAGAAGACCAAATCTATTAGCCTTTCTAAATGGAAGCAAGTCATGAATAGTAATTATTGACTTACATTTAGCCC > NC_012971/2001861‑2002437 | attaaTGGCTTATTGACACTCATAGCTTCCAATACAGGAATACCAAAACCTTCATATTTCCCTAGTAAGATAAGTGCACAACAACTTTCATAGTAGTCCCACTTATCTTCATCAGTGATATATCCTAATAATTGAACATGGTCATTTAATTTTAATTCATCAATCAAGTCCTGTAAAATTTTCTTAGCTCCATGATCACCCCCAGCAATTAATAATTTACAATTATCATTGACTAATTTTTTGAACTTTAGAAAAGCCTTTATCATCAAATCGTATTGTTTATCTTCATGCAAAGcaccc < 1:16283/296‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |