| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012971 | = 2519344 | 101 (0.960) | 17 (0.180) | 13/538 | 5.1 | 15.0% | intergenic (+84/‑582) | ECD_RS25300/timP | IS3‑like element ISEcB1 family transposase/small toxic inner membrane protein TimP |
| ? | NC_012971 | 2519671 = | 100 (1.040) | intergenic (+411/‑255) | ECD_RS25300/timP | IS3‑like element ISEcB1 family transposase/small toxic inner membrane protein TimP | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
AGGAAGGGGAACTGTCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAACAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGT > NC_012971/2519048‑2519643 | agggatgggAACTGTCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATTGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACt < 2:216120/294‑1 (MQ=255) gaaggGGAACTGTCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTCGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGAcgtg < 1:444435/300‑4 (MQ=255) ggggAACTGTCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTAGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTgtgt > 2:189469/1‑300 (MQ=255) aCTGTCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGATTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTTAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACAt < 2:313315/300‑1 (MQ=255) aCTGTCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACAt < 1:406917/300‑1 (MQ=255) tgtaattaCAAGGCGGTGATGGAAGGTTGCGTCGGCACGCTGAAATATGAGTGTTTTGACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTAGCGATAATTACATCCATGATTACAACCAGGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCNGGTAGAGTACCGAACCCGGGCCCTGATAGCCGTTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTgtattaccgtagtaa < 2:597227/292‑15 (MQ=17) tGTCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCNTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTgtatt > 2:655374/1‑285 (MQ=255) tGTCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTgtatt < 1:655374/289‑5 (MQ=255) tGTCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGa > 2:727976/1‑300 (MQ=255) gTCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGa > 2:106282/1‑299 (MQ=255) tCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTAGCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACAt < 2:289969/296‑1 (MQ=255) aTGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCaa < 1:266675/300‑1 (MQ=255) cAATTCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAAGAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTgtattaccgtagtaatg < 2:669816/293‑17 (MQ=255) cAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTgtattaccgtagtcatg > 1:669816/1‑277 (MQ=255) cAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCa > 1:669912/1‑300 (MQ=255) gTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCACTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACAt > 2:584355/1‑283 (MQ=255) aTGGAAAGCTTCTTCTGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTcac < 2:540432/300‑1 (MQ=255) tcGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATAc < 1:392245/300‑1 (MQ=255) gCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCa > 1:398246/1‑299 (MQ=255) 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tatCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGt > 1:553521/1‑300 (MQ=255) gAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCATGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGtttattt < 1:237740/299‑1 (MQ=255) gAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGtttattt < 1:237857/299‑1 (MQ=255) gAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTAACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGtttattta > 2:450093/1‑300 (MQ=255) gcgcATGGCTATCGATNATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTgcattacgtta > 1:706494/1‑196 (MQ=255) gcgcATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGta > 1:311257/1‑300 (MQ=255) gcgcATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTATGTTACATGAGCAACGCAGGNGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGta > 1:606827/1‑300 (MQ=255) gcATGGCTATCGATAATTATATCCGCTATTACAACCAGGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGTTAGAGTACCGAACCCNGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACAGTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTGGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGG‑‑‑‑‑TTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGTATTATcc < 2:646059/300‑2 (MQ=9) tGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGNTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGNTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACCTGTGTTACATGAACAACGAAAGTGCTTCACAGCA‑AAACCATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCCCACGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGtattgt > 2:626275/1‑297 (MQ=25) 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gTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAACAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCt > 1:498588/1‑300 (MQ=255) | AGGAAGGGGAACTGTCATGACAATGCGGTGATGGAAAGCTTCTTCGGCACGCTGAAATCTGAGTGTTTTTACCTGATGGAACACAAGAATATCAGCGAGTTGCGCATGGCTATCGATAATTACATCCACTATTACAACCATGAAAGAATAAAACAGAAACTGAAAGGCCTGAGTCCGGTAGAGTACCGAACCCAGGCCCTGATAGCCGCTTAATATAAACCGTCCAACATTATGGGGTCAGTTCAAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAACAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGT > NC_012971/2519048‑2519643 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |