| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,474,272 | C→T | R94H (CGT→CAT) | rpsL ← | 30S ribosomal subunit protein S12 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,474,272 | 0 | C | T | 97.6% | 272.2 / ‑5.6 | 84 | R94H (CGT→CAT) | rpsL | 30S ribosomal subunit protein S12 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (40/42); minor base G (0/2); total (40/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
TTTACCATCTACCATCAGGATATTTACAAATTTAGCCAGCAGTTCTGATCCGAACTTCGGATCCGGCAGAATTTTACGCTGACCAATGACGCGACGACGTGGCATGGAAATACTCCGTTGTTAATTCAGGATTGTCCAAAACTCTACGAGTTTAGTTTGACATTTAAGTTAAAACGTTTGGCCTTACTTAACGGAGAACCATTAAGCCTTAGGACGCTTCACGCCATACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACCCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCAGGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGAAGTCACTTCGAAACCGTTAGTCAGACGAACACGGCATACTTTACGCAGCGCGGAGTTCGGTTTTTTAGGAGTGGTAGTATATACACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGT > NC_000913/3473977‑3474567 | tttACCATCTACCATCAGGATATTTACAAATTTAGCCAGCAGTTCTGATCCGAACTTCGGATCCGGCAGAATTTTACGCTGACCAATGACGCGACGACGTGGCATGGAAATACTCCGTTGTTAATTCAGGATTGTCCAAAACTCTACGAGTTTAGTTTGACATTTAAGTTAAAACGTTTGGCCTTACTTAACGGAGAACCATTAAGCCTTAGGACGCTTCACGCCATACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAATGAac < 1:284774/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |