| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,894,839 | T→C | L12P (CTC→CCC) | pabB → | aminodeoxychorismate synthase subunit 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,894,839 | 0 | T | C | 98.8% | 315.1 / NA | 85 | L12P (CTC→CCC) | pabB | aminodeoxychorismate synthase subunit 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (50/34); total (50/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACTCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTCCCGCTTAAGCCACCTGCC‑GTGGGCGATGCTTTTACACTCCGGCTATGCCGATCATCCGTATAGCCGCTTTGATATTGTGGTCGCCGAGCCGATTTGCACTTTAACCACTTTCGGTAAAGAAACCGTTGTTAGTGAAAGCGAAAAACGCACAACGACCACTGATGACCCGCTACAGGTGCTCCAGCAGGTGCTGGATCGCGCAGACATTCGCCCAACGCATAACGAAGATTTGCCATTTCAGGGCGGCGCACTGGGG > NC_000913/1894547‑1895128 | gtgtgtTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTACCGCTGTGATTACTTTACCCTGGc > 2:550838/1‑298 (MQ=255)gtgtgtTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTACCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGt > 1:339742/1‑300 (MQ=255) gtgtTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTc > 2:746641/1‑299 (MQ=255) gtTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTCAgg < 1:574531/300‑1 (MQ=255) 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cTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCGTGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAGCATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCCTGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTCAGGACGTCGCTGAAtttt > 2:588874/1‑299 (MQ=255) ttCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTCCCGCTTAAGcc < 1:586664/300‑1 (MQ=255) ggAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTCCCGCTTAAGCCACCTGCC‑g < 1:77017/298‑1 (MQ=255) gAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCNGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACNTTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTCCCGCTTAAGCCACCTGCC‑Gt > 2:659331/1‑298 (MQ=255) gtgggtggCACGCAGCTCTTCTGCCACCATCTCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGGTCAGGGGTGAGTGAAGGTAAACCGG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTCCCGCTTAAGCCACCTGCC‑GTGGGc < 1:671710/300‑1 (MQ=255) gTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTCCCGCTTAAGCCACCTGCC‑GTGGGc < 2:795081/300‑1 (MQ=255) ggTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTTATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTAATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTCAGGACGCCGATGAATTTTATTTCTCCCGATTAAACCACCTGTC‑GTGGGCGa > 2:400657/1‑300 (MQ=255) ggTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTCCCGCTTAAGCCACCTGCC‑GTGGGCGa > 2:6298/1‑300 (MQ=255) ggTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTACCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTCAGGACGCAGCTGAATTTTATTTCTCCCGCTTAAGCCACCTGCC‑GTGGGCGa > 2:445066/1‑300 (MQ=255) ggTTGGCACGCAGCTCTTATGCCAACAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTACCGCTTAAGCCACCTGCC‑GTGGGc > 2:400029/1‑298 (MQ=255) gCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTCCCGCTTAAGCCACCTGCC‑GTGGGCGATGCtt > 1:705693/1‑300 (MQ=255) ccgCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTACCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTCAGGACGCAGCTGAATTTTCTTTCTCCCGCTTACGCCACCTGCC‑GTGGGCGATGCTTTTac > 2:41221/3‑299 (MQ=255) 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gCCTGGCCACTGTTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGCCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTCCCGCTTAAGCCACCTGCC‑GTGGGCGATGCTTTTACACTCCGGCTATGCCGATCATCCGtat < 2:225045/300‑1 (MQ=255) ctgctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTNTATTTCTCCCGCTTAAGCCACCTGCC‑GTGGGCGATGCTTTTACACTCCGGCTATGCCGATCATCCGTATAGCCGCttt > 1:181648/1‑300 (MQ=255) tCCCTTGTGCCATCAGTNCCTGGATCCGCTCGACAGNTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTCCCGCTTAAGCCACCTGCC‑GTGGGCGATGCTTTTACACTCCGGCTATGCCGATCATCCGTANAGCCGCTTTGATATtg < 1:718683/300‑1 (MQ=255) 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tCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTACCGCTTACGCCACCTGCC‑GTGGGCGATGCTTTTACACTCAGGCTATGCCGATCATCCGTATAGCCGCTTTGATATTGTGGTCGCCGAGCCGAtt > 2:216669/1‑300 (MQ=255) gCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTACCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTCCGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTACCGCTTAAGCCACCTGCC‑GTGGGCGATGCTTTTACACTCCGGCTATGCCGATCATCCGTATAGCCGCTTTGATCTTGTGGTCACCGAGCCGATTTGCACTTTAAACACTTTc > 2:210236/1‑300 (MQ=255) gCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTG‑CAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTACCGCTGTGATTACTTTACCCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTACCGCTTAAGCCACCTGCC‑GTGGGCGATGCTTTTACACTCCGGCTATGCCGATCATCCGTATAGCCGCTTTGATATTGTGGTCGCCGAGCCGCTTTGCACTTTAACCACTTTc > 2:209923/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |