| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1470516 | NA (NA) | 25 (0.240) | 21/590 | 3.6 | 23.6% | noncoding (1221/1221 nt) | IS30 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 2590459 | 81 (0.790) | coding (2865/3114 nt) | acrD | multidrug efflux pump RND permease AcrD | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
GTGGACGGCGATGTCGTATCAGGAGCGGCTTTCCGGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTCCAGGTGGGCCTGTTAACGGTCATTGGTTTATCGGCGAAAAACGCCATCCTGATCGTCGAGTTTGCTAACGAGATGAACCAAAAAGGCCACGACCTGTTTGAAGCGACGCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCGGCGTATTGCCAATGGCAACCAGCACGGGTGCCGGTTCCGGTGGTCAGCATGCGGTGGGTACTGGCGTAATGGGCGGGATGATTTCGGCCACTATTCTGGCTATTTACTTCGTGCCGCTGTTCTTTGTGCTGGTGCGCCGCCGCTTCCCGCTGAAGCCGCGCCCGGAATAAGCAATAAAAAAGGCGACATGCCAATGTGTCGCCTTTTTCAAC > NC_000913/2590162‑2590750 | gTGGACGGCGATGTCGTATCAGGAGCGGCTTTCCGGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTCCAGGTGGGCCTGTTAACGGTCATTGGTTTATCGGCGAAAAACGCCATCCTGATCGTCGAGTTTGCTAACGAGATGAACCAAAAAGGCAACGa > 2:489558/1‑300 (MQ=255) tggctgtcGATTTCGTGTCTGGATCGGCCTTCCGGCGCGAAGGCGCCTGCGCTGTATGCCATTTCCTTGCTTGTGGTGTTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAAGGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTCCAGGTGGGCCTGTTAACGGTCATTGGTTTATCGGCGAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAGTTTGCTAACGAGATGAACCAAAAAGGCCACGAc < 2:13115/293‑1 (MQ=255) tGGACGGCGATGTCGTATCAGGAGCGGCTTTCCGGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTANTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTCCAGGTGGGCCTGTTAACGGTCATTGGTTTATCGGCGAAAAACGCCATCCTGATCGTCGAGTTTGCTAACGAGATGAACCAAAAAGGCCActgt < 1:613671/300‑4 (MQ=255) gCGATGTCGTATCAGGAGCGGCTTTCCTGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTCCAGGTGGGCCTGTTAACGGTCATTGGTTTATCGGCGAAAAACGCCATCCTGATCGTCGAGTTTGCTAACGAGATGAACCAAAAAGGCCACGACCTGttt < 1:46790/300‑1 (MQ=255) gCGATGTCGTATCAGGAGCGGCTTTCCGGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTCCAGGTGGGCCTGTTAACGGTCATTGGTTTATCGGCGAAAAACGCCATCCTGATCGTCGAGTTTGCTAACGAGATGAACCAAAAAGGCCACGACCTGttt < 1:46808/300‑1 (MQ=255) gTCGTATCAGGAGCGGCTTTCCGGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGTTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTCCAGGTGGGCCTGTTAACGGTCATTGGTTTATCGGCGAAAAACGCCATCCTGATCGTCGAGTTTGCTAACGAGATGAACCAAAAAGGCCACGACCTGTTTGAAGc < 1:558063/300‑1 (MQ=255) gTCGTATCAGGAGCGGCTTTCCGGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTCCAGGTGGTCCTGTTAACGGTCATTGGTTTATCGGCGAAAAACGCCATCCTGATCGTCGAGTTTGCTAACGAGATGAACCAAAAAGGCCACGACCTGTTTGAAGc < 2:783070/300‑1 (MQ=255) 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ttggtATTCCTGTGTCTTGCTGCGTTGTGTGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTCCAGGTGGGCCTGTTAACGGTCATTGGTTTATCGGCGAAAAACGCCATCCTGATCGTCGAGTTTGCTAACGAGATGAACCAAAAAGGCCACGACCTGTTTGAAGCGACGCTCCACGcc < 2:172465/251‑1 (MQ=255) gtggtATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTCCAGGTGGGCCTGTTAACGGTCATTGGTTTATCGGCGAAAAACGCCATCCTGATCGTCGAGTTTGCTAACGAGATGAACCAAAAAGGCCACGACCTGTTTGAAGCGACGCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATc < 1:73939/300‑1 (MQ=255) gtATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTCCAGGTGGGCCTGTTAACGGTCATTGGTTTATCGGCGAAAAACGCCATCCTGATCGTCGAGTTTGCTAACGAGATGAACCAAAAAGGCCACGACCTGTTTGAAGCGACGCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTc > 1:823064/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |